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当前，我国食品生产加工起点较低，基础设施薄弱，从业人员素质不高，食品安全仍存在不少问题，对此，我们一定要保持清醒的认识。这些问题的主要表现如下。
致病微生物引发的食品污染对人民群众造成了大量的健康损害，控制细菌性污染目前仍然是解决食品污染问题的主要内容。微生物性食物中毒导致的中毒人数最多，2003年、2004年和2005年全国报告的重大食物中毒事故中，微生物性重大食物中毒的人数比重最大，分别占当年总数的43.8%、58.1%和43.0%。2006年四川发生副溶血性弧菌污染食品案例，造成164人中毒。2006年全国共报告重大食物中毒596起，有18063人中毒，196人死亡，其中，涉及100人以上的食物中毒有17起。由致病菌引起的食物中毒起数和人数均超过半数，也是近年来发生在学校、单位的集体食堂、运动会和大型聚餐场所群体性中毒的最主要因素。
一是源头污染（种植、养殖过程）对食品卫生产生重大影响。农药、兽药（抗生素、激素）和禁止使用的饲料添加剂的滥用和残留是造成食品源头污染的主要原因。二是环境污染给食品卫生带来影响。随着工业化进程的加快，重金属污染和水污染日趋严重，环境中的污染物通过食物链进入人体很容易造成健康损害，如二噁英的问题。三是自然界中存在的人畜共患病和寄生虫污染等，也通过食物传播至人类，如淡水养殖螺类污染广州圆尖线虫等。
随着食品工业的迅速发展，大量食品新资源、食品添加剂新品种、新包装材料及新工艺不断出现，造成直接应用于食品及间接与食品接触的化学物质日益增多，加之越来越多的现代生物技术、酶制剂等新技术在食品中得到应用，成为亟待重视和研究的问题。
部分学校尤其是经济欠发达地区、农村地区学校食堂的条件还相当简陋，管理不到位，存在食物中毒隐患。一些地方政府对学校新建或改建食堂的经费投入不足，一些学校连基本生活饮用水都无法保证。例如，2006年湖北省对全省6467所中小学食堂进行摸底调查，其中有4462所食堂不具备提供就餐的基本条件，占到了70%。高校扩招和后勤社会化管理，给学校食品卫生管理带来新μ题。食堂膳食供应能力不能适应学生就餐需要，学校食堂负荷过重，造成食品卫生安全隐患；一些大学简单地将食堂承包给个体经营，缺乏管理，从业人员来源复杂、流动性大、卫生意识淡薄，成为学生食品卫生安全的突出问题。
我国农村地区消费水平相对较低，加上监管力量相对不足，容易使农村地区成为卫生质量不高食品的集散地。在农村和城乡结合部的无证无照、违法生产加工食品行为屡禁不止，少数不法分子违法滥用食品添加剂和非食品原料生产、加工食品，甚至在食品中添加有毒有害物质，危害严重，影响恶劣，造成食品安全重大隐患。
目前我国食品生产经营者的食品安全第一责任人的意识普遍不强，法律观念淡薄，食品经营诚信度不高，许多食品生产经营者不重视食品卫生自身管理，不愿意在生产经营条件上加以投人，造成食品生产经营场所条件简陋，卫生设施缺乏，从业人员不讲个人卫生，不按卫生要求操作，给食品安全带来隐最；一些食品生产经营者甚至见利忘义，在食品加工中掺杂制假或使用伪劣原料以牟取暴利，严重威胁了消费者的健康和生命安全，同时也严重影响了我国食品安全的国际形象。
一方面，少数不法分子违法使用食品添加剂和非食品原料加工食品，掺假制假，牟取暴利，甚至添加有毒有害的违禁物质，假冒标签、包装、装潢，采取欺骗和误导的手段坑害消费者，危害严重，影响恶劣。另一方面，我国现有的食品行业的整体素质仍处于较低的水平。
近年来，部分媒体报道食品事件时未进行科学评估，发布“致癌食品”“有毒食品”等，引起社会的极大关注和不安。
根据2006年卫生部卫生监督局委托天津市进行的餐饮业卫生现况调查数据，该市餐饮单位的卫生许可证总体持有率为76.0%，其中小型餐饮业的卫生许可证持有率仅为64.1%，许多餐饮单位的卫生条件和卫生管理与法规规范的要求相比较，存在不同程度的问题和不足。通过这些调查结果既反映出当前卫生执法工作面临的形势不容乐观，也反映出我们对餐饮单位的卫生监管还存在着许多不到位的地方，社会对餐饮业卫生状况满意度还不高。一些地方还不同程度地存在降低卫生要求发放卫生许可证，监管失位、缺位和不到位的问题。
食品安全法规、标准方面仍缺乏可操作性，相互之间衔接不够有力，尤其在对食品违法犯罪的惩处上，刑法设定的食品犯罪情形具体要求较高、惩处力度不高、行政执法部门调查取证困难、司法移送程序界限不清、有的条款难以操作等，也影响了对食品违法犯罪行为的打击力度。部分地方有法不依、执法不严的情况还比较普遍，地方保护、监管不力的现象时有发生，农村地区更容易成为执法的空白地带。此外，基层食品执法单位经费不足，监督力量薄弱，人员素质较低，执法交通工具、取证和办公设备缺乏，现场快速检测能力和信息化建设落后等问题依然影响食品监督执法的效果。