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笛卡尔认为，要掌握科学，不是单纯地学习那些已经建立起来的科学体系，而是要建立更加合理的科学体系。笛卡尔在这里所讲的科学体系就是他所说的——人类知识之树。“人类知识之树”主要由形而上学、物理学以及其他各门具体的科学构成。针对这颗巨大无比的“树”，笛卡尔认为，这棵树的果实（各门具体的对人类发展有益的科学）像我们实际生活中所见过的任何一棵树一样，它的果实结在树枝上；而它的树根（形而上学）和树干（物理学）只是支撑它存在的根基。实际上，笛卡尔是在告诉我们，哲学研究的真正用处（人类知识之树的果实），体现在各门具体科学对人类生活的指导意义。
笛卡尔认为，哲学的目的就是要让人类最终成为自然的主人和拥有者。同时，人类也只有拥有了自然，成为了自然的主人，才能真正认识到本质的自然，才能掌握自然规律，才能依照自然规律生活，才能在实践中取得更大的效率，才能在这些过程中获得真正的幸福。那么，人类怎样才能实现这一目的呢？答案是：科学。
笛卡尔认为，只有掌握真正意义上的科学，人类才能够真正幸福。笛卡尔的哲学追求从某种意义上说，就是要掌握真正的科学。那么，要掌握科学首先应该从什么地方入手呢？笛卡尔选择了一种与常人相反的策略。他认为，要掌握科学不是单纯地学习那些已经建立起来的科学体系，而是要建立更加合理的科学体系。
建立更加合理的科学体系，这是笛卡尔哲学研究的起点和动力。笛卡尔在这里所讲的科学体系，曾经在他的著作和演讲中多次提到过。实际上，这个科学体系就是他所说的——人类知识之树。
那么，具体来讲，这个“人类知识之树”应该是怎样的呢？笛卡尔是怎样描述这个“人类知识之树”的呢？
笛卡尔说：“哲学的第一部分应该是形而上学，它包括知识的最基本的原理。之所以说这部分的知识包括的是最基本的原理，是指这部分知识应该包括解释上帝存在的原理，解释灵魂的非物质性的原理，解释在我们之中的全部清楚的、简单的、观念的原理。”
“哲学的第二部分应该是物理学，物理学是指在我们真正发现世界的最基本的原则之后的解释宇宙万物的基本原理。一般指考察宇宙组成的原理，考察地球本性的原理，考察与地球联系在一起的自然界万物（例如空气、水、矿石以及一切自然物）的运行规则的原理。在物理学里，我们之所以还有必要分别研究自然界各个具体事物的本性，是因为这样做可以帮助我们更容易地建立起研究各个具体事物的专门性的科学体系。”
“这样看来，哲学就不应该仅仅是研究一种事物的科学，它更是一个整体。形象地说，作为一个整体的哲学研究，它就像是一棵枝繁叶茂的大树。这个参天大树的根便是我们上面讲过的形而上学，相应地，它的主干是物理学。由这棵树的主干发展而来的各个枝杈则是从作为主干的物理学归结出来的其他各门具体的科学。这些具体的科学又可以归结为三门主要的科学——即医学、机械学和伦理学。伦理学是指最高级、最完善的道德科学，他以其他各门具体科学的基本知识为存在的前提，是智慧的最高等级。”
最后，笛卡尔总结说：“‘人类知识之树’只是一个庞大的科学体系。要进行哲学研究，就必须建立这样一个科学体系；要进行科学研究，就必须以这个科学体系为基础；要进行哲学研究，就必须归结到这颗庞大科学体系上来。但是，还要注意的是，搞好哲学研究不能没有好的方法。哲学研究要从考察研究哲学的方法开始，只有掌握了合适的研究哲学的方法，才能真正地深入哲学研究之中，得到更确实的真理。否则，哲学研究就无法进行。”
在这里，笛卡尔所讲的科学的方法，实际上就是逻辑学。在笛卡尔看来，科学的逻辑学是科学的方法论，是研究哲学的起点，只有逻辑学才能指导我们以更理性的态度，去发现那些我们不知道的真理。针对逻辑学或者方法论的研究结果，笛卡尔在他的著作《谈谈方法》中有很好的论述。
很明显，笛卡尔所讲的“人类知识之树”主要由形而上学、物理学以及其他各门具体的科学构成。针对这棵巨大无比的“树”，笛卡尔认为，这棵树的果实（各门具体的对人类发展有益的科学）像我们实际生活中所见过的任何一棵树一样，它的果实结在树枝上；而它的树根（形而上学）和树干（物理学）只是支撑它存在的根基。实际上，笛卡尔是在告诉我们，哲学研究的真正用处（人类知识之树的果实），体现在各门具体科学对人类生活的指导意义。例如，作为“人类知识之树”的分支之一的医学是为了保护人类的身体健康而建立的；物理学的目的是为了把人类从繁重的体力劳动中解放出来；伦理学能帮助人类获得精神上的幸福和安宁。总而言之，一切科学都是为了人类的幸福，哲学是保证人类幸福的最低防线。