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笛卡尔是方法论的疯狂推崇者。我们不管是学习还是搞研究，甚至是在日常生活中的每一件小事，都需要方法论。从某种意义上讲，方法论是判断人类、人类社会进化发展程度的一个最基本的标准。笛卡尔把普遍怀疑当成是怀疑的起点和方法论的开端。他并不承认人和人之间存在本质上的差别，如果真的存在差别，那也只是因为“我们由不同的路径引导我们的思想”。当然，方法并不能像良知那样是我们每个人天生就有的，如果是那样的话，人和人之间就不会存在意见上的分歧。但是，方法从哪里来呢？笛卡尔认为他研究哲学的使命就是在探索新的方法、发明新的方法。在这里，我们要说明的是，笛卡尔认为，方法并不像“良知”那样是天生的，而是需要我们在后天的生活中研究才能得来的。
笛卡尔是方法论的疯狂推崇者。这从他的“普遍怀疑论”里就可以看出来。在普遍怀疑里，笛卡尔把普遍怀疑当成是怀疑的起点和方法论的开端。实际上也正如笛卡尔论述的那样，我们不管是学习还是搞研究，甚至是在日常生活中的每一件小事，都需要方法论。从某种意义上讲，方法论是判断人类、人类社会进步的一个最基本的标准。
在笛卡尔看来，从本质上讲，所有人都是平等的。笛卡尔在这里所说的平等是从人类的本性的角度来说的。例如笛卡尔说：“良知是世界上分配得最公平的东西，因为每个人都拥有足够的良知，就连那些在别的任何事情上最难满意的人，也不能希望获得比现有的更多的良知。”在这里，笛卡尔所说的良知就是我们通常所理解的智慧、天性。从天性的角度来看，我们都是人类之种群的，我们天生遗传了人类应该拥有的所有天性。从智慧的角度来看，笛卡尔认为，我们任何人从一生下来就获得了我们应该有的，足够帮助我们生活在这个世界上的智慧。更具体一点讲，这里的良知可以理解为——“辨别真伪的天性”。意思是说，我们每一个人，都拥有一样多的同质智慧和作为人应有的天性，都拥有一样多的同质的辨别真伪的天性——良知。即使是那些对自己的很多地方不满意的人，他也拥有像那些对自己任何地方都满意的人一样多的“良知”。例如，有的人认为自己五官长得不够美，有的人天生就是残疾——但是不管他们的身体有什么缺憾，他们的天性，他们所拥有的“良知”却像所有人拥有的一样。也就是说，人，至少在拥有天性或者辨别真伪的能力上，天生就是平等的。用笛卡尔的话说：“因为理智和良知是惟一使我们人之所以为人并与动物有区别的东西，我相信它是完整地存在于个人身上的。”
但是，我们通常所见到的情况却并非如此。那么，这又如何解释呢？对此，笛卡尔说：“人们的意见之分歧，并非来自一些人比另一些人更理智，而是因为我们由不同的路径引导我们的思想，或者各人的思想不是针对同一件事物的缘故。”笛卡尔认为，造成人们之间的意见分歧的原因不在于有的人更理智，或者有的人不理智。也就是说，“良知”不是产生意见分歧的原因，因为任何人的良知都是一样的。之所以具有一样的良知的人们之间会产生意见上的分歧，是因为人们所运用的方法不一样。“本来具有良好的精神还是不够的，要紧的是如何巧妙地运用它。”笛卡尔在这里所说的“如何巧妙地运用它”，实际上就是讲“要选择什么样的方法”。
由上可知，笛卡尔并不承认人和人之间是存在本质上的差别的，如果真的存在差别，那也只是因为“我们由不同的路径引导我们的思想”。也正因为此，笛卡尔认为，“最伟大的人，常有犯最大毛病的可能，也同样地有修最大德行的可能。而那些只能步行者，若常循直径，能比那些奔跑而远离正路者，快速得多了。”可见方法论的重要性。总而言之，笛卡尔对方法论是非常看重的。
然而，方法并不能像良知那样是我们每个人天生就有的，如果是那样的话，人和人之间就不会存在意见上的分歧。但是，方法从哪里来呢？笛卡尔认为，他研究哲学的使命就是在探索新的方法、发明新的方法。他说：“当我一想到自己在探求真理上所取得成就时，就禁不住极度的快感，而对于未来抱着太大的希望，甚至想，若在人——纯粹人的工作中，如果有一件工作确实美好而要紧，我相信它就是我目前所要选择的工作。”笛卡尔在这里所说的“目前所要选择的工作”，实际上就是上面所说的探寻新的方法。接着，笛卡尔说：“我知道在我们切身的事上，我们是多么易于被骗，甚至在朋友的判断，当他们对我们有利时，也应该多加提防。”可见，笛卡尔从确立自己目标——“探寻新的方法”之初就把“普遍怀疑”当成了自己的方法论的最基本的原则。当然，这些关于方法的最基本的也是最中心的内容，都将在以后的内容中有详细的论述。
在这里，我们要说明的是，笛卡尔认为，方法并不像“良知”那样是天生的，而是需要我们在后天的生活中研究才能得来的。所以，我们都要勇于追求新的适合我们自己的方法。笛卡尔说：“我的计划，不是再次传授一个人必须遵从的方法，以便正确地引导自己的理智，而只是指给人家看，我怎样设法引导我的理智。”当然，这也是笛卡尔方法论的一个主导方向——并不是要单向性地传授，而更注重于引导。