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“怀疑的方法”是笛卡尔“方法论”里的第一个内容，也是笛卡尔方法论最基础性的内容。笛卡尔在这里所讲的“怀疑的方法”就是“普遍怀疑”，是对一切的怀疑，对一切“存在怀疑”。但这种“怀疑”，并不像传统的怀疑论者那样是对传统的知识体系的彻底否定。笛卡尔“怀疑”的目的是要得到确实的知识，寻找无可置疑的真理，发现确实的真理，确立哲学的基本原理作为推演科学体系的基石。
纵观笛卡尔方法论的四条基本规则，我们可以得知，“怀疑的方法”是笛卡尔“方法论”里的第一个内容，也是笛卡尔方法论最基础性的内容。笛卡尔认为，我们传统的教育方式就是学习已有的知识体系，把一切课本上或者先辈们口头传下来传统的知识，不分对错，全都当作正确的知识学习。而这样的学习方法是很不可靠的，是值得怀疑的。这样做的直接后果就是让学习者学习得越多就越觉得自己无知，这也就使得现有的哲学原则和观念都处于一种不确定的状态。笛卡尔认为，在对传统的已有的知识体系真假难分的情况下，惟一妥当的办法就是对一切知识和观念都采取怀疑的态度，应该通过怀疑的方法“认真地、自由地来对于我的全部已有的见解进行一次总的清算”，通过普遍怀疑来寻找无可置疑的真理，确立哲学的基本原理作为推演科学体系的基石。正如笛卡尔所说：“如果我想要在科学上建立起某种坚定可靠、经久不变的东西的话，我就必须在我有生之日认真地把我历来信以为真的一切见解统统清除出去，再从根本上重新开始。”
很显然，笛卡尔在这里所讲的“怀疑的方法”就是“普遍怀疑”，是对一切的怀疑，对一切“存在怀疑”。但这种“怀疑”，并不像传统的怀疑论者那样是对传统的知识体系的彻底否定。笛卡尔以前的传统的怀疑论者，往往是以“怀疑”武器给予已经漏洞百出的经院哲学以毁灭性的打击。对传统的知识体系来讲，这样的表面的“怀疑”是具毁灭性的，最终的结果往往是走向虚无主义。但是，笛卡尔的“怀疑”并不如此，笛卡尔的“怀疑”的前提是要得到确实的知识，寻找无可置疑的真理，发现确实的真理，确立哲学的基本原理作为推演科学体系的基石。也就是说，笛卡尔的“怀疑论”对传统的知识体系是具有极强的建设意义的。笛卡尔是要在传统的知识体系中分辨出正确的知识、确实的科学真理，彻底消除我们头脑中那些对自然、对科学的偏见。
在具体论述的时候，笛卡尔举了这样一个例子：“一个人提了一篮子苹果，但是这个人怀疑这些苹果中有不新鲜或者是已经腐烂掉的苹果。那么，这个人应该怎么办呢？他通常会首先把篮子倒空，然后把苹果一个一个地检查一遍，把那些他看到没有烂的苹果挑出来，重新装回篮子里，再把其他的扔掉。这就同这样一些人的情况完全一样，这些人以前没有很好地研究过哲学，在他们头脑中保留着的是从早年就开始积累的各种各样的看法。当他们很有道理地确信这些看法的大多数不符合真理的时候，他们便试图把一些看法同另外一些看法区别开来，因为他们害怕把这两类看法混淆在一起而使得全部看法不可靠。为了不犯错误最好还是把它们全部抛开，不管他们当中哪些是真理，哪些是谬误，然后再对他们逐一加以研究，只保留其中那些被认为是真理和毋庸置疑的东西。”
显然，笛卡尔所谓的“怀疑”并不是盲目的怀疑，并不是单纯的怀疑，而是带着一定目的的怀疑。笛卡尔的怀疑就是要发现真理。具体而言，“怀疑”就是笛卡尔发展真理的手段和方法，是通向真理殿堂的第一个阶梯。
在确定了“怀疑”是发现真理的方法之后，下一步就是确定具体的怀疑对象。是的，有些人可能会认为，笛卡尔的怀疑不正是“普遍怀疑”吗？“普遍怀疑”不就是怀疑一切吗？那不就是说所有的人类已经知道的和不知道的都是怀疑的对象吗？当然，这种认识并没有错。但是，难道我们不认为把“一切”——这个听上去内容虽然充实但实际操作起来却相当空洞的词语——当作笛卡尔怀疑的对象，有点笼统吗？如果这样，笛卡尔的怀疑就是抽象的哲学概念了，就会失去笛卡尔怀疑的本身意义了。
确定怀疑对象也就是确定哪些东西应该怀疑，哪些东西值得怀疑。具体来讲，笛卡尔认为以下四种东西是最应该怀疑和最值得怀疑的：
“感官知觉的东西”
笛卡尔认为，感官知觉的东西是值得怀疑的。这里很多人可能会有疑问，正如笛卡尔所说：“这里难道还有人怀疑感性事物（在这里我的意思是，这些事物是能看得见、摸得着的东西），比其他事物更确定吗？”其实并不尽然，笛卡尔认为，感性的东西，即使是我们最耳熟能详的东西也是值得怀疑的。“我十分清楚地意识到了，当感觉（感官）受到不利影响时，它有时会欺骗我们，就像一个病人认为所有的食物都很苦涩一样；就像我们看天上的星星一样，我们难以知道它的大小。这些感性认识也是如此，它们离事物的本来面目也相差很远；也就是说，这些感性认识很难与事物的本质相一致。但所有这些错误却容易理解，这并不能阻止我明白你的意思，也不能阻止我现在正看见了你；我们一起在花园漫步，阳光照在我们身上，一句话，所有我的感觉通常都是真的。”可见，感官事物通常是最容易欺骗我们的。因此，笛卡尔说：“对我来说，如你能向我清楚地说明那些据说是上帝和我们心灵创造的事物，那我将感到十分惊讶。”
“梦”
除了感官知觉的事物，笛卡尔认为，“梦”也是最容易骗人的，也最应该怀疑，最值得怀疑。例如，我们都有这样的经历，我们经常发现，我们在清醒时的思想和感觉与我们在睡眠时的思想和感觉是一样的。这也就是告诉我们，我们在清醒时所有的思想和感觉也可以同样地发生在我们的睡梦中。而我们都认为，睡梦中的感觉和思想都是没有事实依据，都是绝对不可靠的。这样一来，在我们清醒时进入我们意识的感觉和思想，如果它恰恰也正好是曾经在我们睡梦中进入过我们意识的感觉或者思想，那么它们的存在就都是靠不住的。这样，人就分不清自己到底是在做梦还是处于清醒状态。再者，一般来讲，我们都认为“梦”中的情形都是来自于现实的（例如我们在梦中见到的苹果和我们现实中见到的苹果是一样的），这样看来，梦是真实的。但是，梦毕竟不是现实中发生的事情，这样看来，梦又是虚假的，靠不住的。但是因为梦的组成元素都是来自于现实的，所以梦又不是绝对虚假的。所以说，梦和清醒的状态是没有一个确定的评价标准的。因此，从梦作为“梦”的角度来讲，梦是骗人的。
“具体科学（例如物理科学、数学科学、天文科学以及医学等）的确实性”
笛卡尔认为，一切具体科学，例如物理科学、数学科学、天文科学以及医学等具体科学的确实性是值得怀疑的。先不说考察组合物的物理科学、天文科学以及医学等具体科学，即使通常被认为是最基本的数学科学，也是存在很大的不确定性的。像数学科学里的算术和几何科学，它们通常考察的只是简单的纯粹的数字式的所谓“理论”，而在很大程度上不会去考察它所考察的对象本身的真实性。
例如，几何学家所考察的对象往往是“一个连续不断的质体或空间，其长、宽、高、深的程度延长到无边无际，而其本身却可以被分成不同的部分；这些不同的部分能有各种不同的形状和体量，亦可能随便被移动或更换位置（几何学家认为这一切都是他们所研究思索的对象）。”笛卡尔审查了一些他们认为最简明的现象，但考察的结果是令人失望的，笛卡尔发现，一般人所公认的这些几何学上已经被人们长期所接受的表证的准确可靠性，纯粹是建立在人们认为是非常明白，研究得非常透彻的所谓的“法则”之上的。而这些法则正是“我所曾经设置以为运思之用的”。实际上，已经被人们长期接受的几何学所研究的对象，具体来讲是很难让人们在现实中捕捉到与之相应的对象的。
笛卡尔举例说：“如果这里有一个三角形，我们很清楚地知道它的三个角加起来必然等于两个直角，但是这个公式并不为我们保证客观世界上真存在着一个三角形。相反地，当我回到对于那至善至美至完全者之观念而加以省察，我发现这个实体的存在是包含在关于他的观念之中，正如三个角与两个直角相等之包含在三角形的观念之中，或如一个圆体的表面与该圆体中心间隔有相等距离之包含在圆体的观念之中，是一样明显，或许前者更明显些。因此至善至美的上帝之存在，是至少与几何学上的任何现象一样地确切可靠。当然，很可能有人会做出这样的辩护：也许我们真的是被欺骗了，但是上帝本身是至善的，让我们受骗的只是因为这些表象与它们的本质不相符合造成的。但是，不管怎么说，我们是活在欺骗之中的。”
“全能的精灵”
这一阶段的怀疑是更深层次的怀疑。如果说前几个怀疑的对象是单纯的直观怀疑，那么这里的怀疑则是对“一切存在的根本”的怀疑，或者可以说是更具有普遍性的怀疑。在进入这一阶段的怀疑之初，笛卡尔先假定存在一个至高无上的全能的精灵或者恶魔。这个全能的精灵或者恶魔制造了一切，竭尽全力在欺骗我们。笛卡尔认为，如果这个假定的全能的精灵或者恶魔真的存在的话，那么，我们中间的任何一个都可能因被欺骗而陷入二加三等于五的思考之中。当然，全能的精灵或者恶魔如果真的存在的话，那么直接的后果就是让我们从以前在合理的怀疑下获得的信念荡然无存。具体来讲，在这个怀疑阶段的论证方式可以是这样的：很可能存在一个欺骗我们的全能的精灵或者恶魔；如果这个全能的精灵或者恶魔真的存在，那么，我们已有的观念就可能都是错误的，甚至是荒唐的；所以，我们现在已有的观念都有可能是错误的。
在这一阶段，笛卡尔的怀疑有一个前提，那就是假定有一个善于欺骗的全能的精灵或者恶魔。注意，笛卡尔只是假定有善于欺骗的全能的精灵或者恶魔，并没有肯定地说真的存在。而另一方面，我们也根本没有办法能证明这个假定的全能的精灵或者恶魔不存在。也即，如果不存在，便罢；那如果要是存在呢？如果真的存在，那我们就都被这个善于骗人的全能的精灵或恶魔欺骗了，那么我们已有的观念就很有可能是错误的。
表面看来，笛卡尔所讲的“普遍怀疑”就是对一切的怀疑，要不然怎么能叫“普遍的怀疑”呢？但是，如果按照这种逻辑推理下去，问题就出来了。如果说作为怀疑的主体的“我”，也在怀疑自我本身的存在，那么就说明“我”也很可能是不真实的。如果“我”是真的不存在的，那么“我”怀疑什么呢？“我”又如何怀疑呢？一方面，“我”在怀疑一切，另一方面，“我”却不存在，这岂不是笑话？正如笛卡尔所说：“正当我把一切都认为是假的时候，我立刻发觉到那思想这一切的我必须是实际存在，我注意到：‘我思，故我在’这个真理是如此坚固，如此确真，连一切最荒唐的怀疑它的假设都不能动摇它。我于是断定，我能毫无疑惑地接受这个真理，视它为我所寻求的哲学的第一原则。”也就是说，怀疑一切的前提是怀疑主体自我的肯定，或者说，“普遍怀疑”是建立在“怀疑主体”自我存在的基础上的。实际上，笛卡尔在确立“普遍怀疑”这一方法论的时候，对“普遍怀疑”的确定并不是绝对的，而是认为“我在怀疑”这一点是无可怀疑的，是绝对的。
笛卡尔认为，“普遍怀疑”才是真正的理性和绝对的理智。只有有了“普遍怀疑”的思想和方法论，才能真正实现人类的理性。具有“普遍怀疑”的心灵才是没有任何偏见的理性的心灵。只有“普遍怀疑”才能帮助人们更好地认识世界，培养合理的世界观、价值观。
总之，“普遍怀疑”是笛卡尔哲学的第一原则，是笛卡尔理性主义的奠基石。正是运用这种“方法论上的怀疑”，笛卡尔开始了重建形而上学的理论探讨和研究。