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19世纪40年代中期，一对来自德国路德维希堡的表兄弟——查尔斯·辉瑞（Charles Pfizer）和查尔斯·厄哈特（Charles Erhart），放弃了优裕的生活，怀揣梦想到美国创业。1849年，他们在纽约布鲁克林区创立了查尔斯·辉瑞公司。辉瑞是药剂师学徒，具备医药化学知识，查尔斯·厄哈特有一手制作糖果的技术。兄弟俩凭着各自的一技之长和敏锐的商业眼光，将山道年和杏仁太妃糖香料混合并制成塔糖的形状，开发出辉瑞公司的首个产品——山道年塔糖，这项突破改变了过去这类产品有疗效但口感苦的弊端，给公司带来了巨大的收益。
20世纪初，辉瑞公司的主要业务是从意大利进口原料，生产化学制剂——柠檬酸，但由于意大利的政治动荡和难以预料的气候条件，过分依赖进口原料的辉瑞公司很容易受价格上涨和供应短缺的影响。1914年第一次世界大战爆发后，意大利的进口渠道也随之中断，辉瑞不得不寻求其他渠道。辉瑞公司的科学家们夜以继日地探索、钻研，终于开发出一种名为SUCIAC（糖转化为柠檬酸之英文缩写）的工艺，随后改良成为一种用糖蜜做原料的深罐发酵技术。它完全取代了用进口原料生产柠檬酸的传统工艺，也改变了柠檬酸行业的面貌。可惜的是，辉瑞公司并没有将柠檬酸产品品牌化，也没有为这种新工艺申请专利。
1939年，第二次世界大战爆发，战争使人们迫切需求青霉素。辉瑞公司马上响应美国政府号召，开始尝试生产青霉素，起初青霉素的品质不稳定，生产效率低下。1942年秋，辉瑞公司科学家提出用辉瑞特有的“深罐发酵法”来生产青霉素。公司再次斥资上百万美元，改装设备投入试验性生产，仅用了四个月时间，就以最初预计产量的六倍生产出了青霉素。1944年诺曼底登陆一战，美军抢救伤员所用的青霉素中，90%是辉瑞公司的产品。1944年公司的净收入达到230万美元，比1943年增长了31%。
作为现代医学领域的先锋，辉瑞公司要想确保领先地位，就必须有新的突破，于是，辉瑞的科学家们开始了新一轮的探索。在13.5万份土壤样品和2 000多万次试验后，辉瑞公司终于研发出一种新的抗生素——土霉素，并为其申请了专利，这标志着辉瑞公司从生产产品开始走向全新的制药。
20世纪后半叶是医学发现领域突飞猛进的时代，也是辉瑞腾飞的时代。青霉素和土霉素的研发和生产带来的巨大收益，使辉瑞意识到产品研发对于企业成长的重要。
20世纪60～80年代是辉瑞公司研发的黄金30年，期间，辉瑞大力投资药品研发和临床试验，不断扩大创新药物的产品系列。20世纪80年代推出的吡罗昔康（Feldene）成为全世界销量最大的处方消炎药，并且也是辉瑞第一种销售额达到10亿美元的产品。同时，辉瑞公司也在全球化和多元化的道路上不断尝试，但结果似乎不尽如人意。
20世纪90年代是辉瑞公司最辉煌的时期。一大批疗效好、技术领先的重磅药品在这一时期相继投入市场，其中包括最畅销的高血压药“络活喜”，用于治疗14种传染病的抗生素特洛芬，美国首屈一指的抗抑郁处方药左洛复，以及让辉瑞公司声名大振的万艾可（伟哥，Viagra）等。1999年，辉瑞公司单品销售额超过5亿美元的药品就有8种，合计销售额为92.97亿美元，占当年销售总额的57.37%，1999年辉瑞公司的重磅药物如表0-1所示。
20世纪80年代以来，世界制药业经历急剧的变化，新药研制已经不再像以前那样有利可图，而其风险和难度却在不断上升，不少研发能力卓著的公司开始面临危机。形势的日益变化使辉瑞逐渐认识到，单纯依靠研发优势已经不足以保证制药企业的良性发展，如果没有行业的强大联合，将难以立足。接下来，一系列大规模的并购行动拉开了序幕。2000年，辉瑞以900亿美元收购华纳-兰伯特公司，获得了重磅药物立普妥，首次成为全球第一大制药公司。紧接着，辉瑞公司又以600亿美元收购著名的法玛西亚药厂。通过本次购并，辉瑞赢得了著名关节炎治疗药物Celebrex的全部所有权。2009年，辉瑞再次改变了全球制药业的格局，以680亿美元完成收购惠氏的交易，向着更加多元化、规模化的全球最大的生物制药公司又迈进了一步。辉瑞董事长兼首席执行官杰弗里·金德勒在记者会上表示：“辉瑞和惠氏为产业转型提供了绝好的机会，合并产生的世界第一大生物制药公司将以其独特、多样化和规模化的优势屹立于全球医疗市场。”合并后的新公司既具备小型专业公司的效率和灵活度，又拥有全球性企业的规模和资源优势，以期更快速、有效地满足不断变化的医疗需求。