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大量的国有化工厂由工人占领并管理，但是，由于缺乏经验、技术和人才，特别是原材料的供应，许多工业企业陷于停工，甚至倒闭的状态。而这时，内战在扩大，苏维埃政府不得不在多条战线上作战。苏维埃俄国面临十分危险的局势，1918年9月4日，工农红军和哥萨克代表苏维埃中央执行委员会公布了“将苏维埃共和国变为军营”的决议。该决议全文如下：
在直接面对试图窒息苏维埃共和国并将其尸体肢解的帝国主义掠夺者、直接面对资产阶级举起的背叛黄旗、出卖了工农国家的外国帝国主义的豺狼的时刻，工人、农民、红军和哥萨克代表苏维埃共和国决议：将苏维埃共和国变为军营。
所有战线和共和国的所有军事机构均由一个总司令的革命军事委员会领导。社会主义共和国的一切力量和财物均用于反对强暴者的武装斗争的神圣事业。所有的公民，不管他们的职业和年龄，均应绝对履行苏维埃政权托付给他们的保卫国家的义务。
得到全体劳动人民支持的工农红军必将粉碎和击溃盘踞在苏维埃共和国土地上的帝国主义掠夺者。
征兵站的门口
全俄中央执行委员会决议将本决定通知到最广泛的工农群众，责成所有村的、乡的和城市苏维埃、所有苏维埃机构将其张贴于显眼的地方。
一致同意任命托洛茨基同志为革命军事委员会主席。瓦采齐斯同志为所有战线的总司令。其后，选举出一个三人委员会：格高希泽、维塞洛夫斯基和诺根同志，责成该委员会在中央执行委员会下次会议前提交出一份关于确定各个军事部队和各个人的识别标志的相应草案。
自从1918年7月实行普遍义务兵役制以后，军队的人数迅速扩大。国内战争开始时，军队的人数约为30万人，而一年后扩大至300万人，再一年后猛增至500万人。武器和弹药成为各条战线急需的供应，各方面军司令长官纷纷向中央发来电报，要求武器和弹药。这在1918年9月26日托洛茨基以革命军事委员会主席给人民委员会主席列宁、最高国民经济委员会主席团委员克拉辛和副军事人民委员斯克良斯基的电报中表述得很简洁和迫切：“必须由克拉辛主持召开所有供给管理局负责人的会议，来弄清楚军用物资的现有量和立即使军工厂开工的必要性。尤其是，军需管理局在抱怨灾难性的局面。”
为此，成立了“红军供应特别委员会”，由列昂尼德·波里索维奇·克拉辛任主席。1918年11月2日，列宁以人民委员会主席的名义签发了改善红军军事物资供应的决议。其中指出，授权该委员会可以全权处理对军队供应的一切事宜：生产、调拨、运输、储藏、核算等，并有权将军事工业和非军事工业协调起来，用于对红军供应的生产。同一天，红军供应特别委员会作出了关于扩大生产枪炮弹药措施的决议。该决议指出：“将列举在10月24日炮兵管理总局局长提交的870号中的部分订货转交给那些准予完全或者部分恢复现有暂停订货生产的工厂。”列在这分决议中的工厂，有刚刚国有化的私人工厂和工厂协会：普梯洛夫工厂协会、涅瓦造船厂协会、土拉铸铁厂协会、多布良斯克工厂（生产3英寸的野战榴霰弹）；莫斯科军事工业股份公司、俄罗斯机械工厂股份协会、俄法工厂协会、布良斯克工厂协会（生产用于1909年型榴弹炮的爆破弹）；奥布霍夫斯克海事工厂、奥洛涅茨矿业工厂（生产1909年型榴弹炮的炮弹）；土拉轧钢和弹药制造厂（生产弹筒），等等。这份决议还给这些工厂提供了经费上的特惠：“准予给上述一、二款所列工厂提供无需保障的预付款，条件是工厂要提出相应的申请，并且其数额不得超过订货价值的30％。”
在特别委员会的具体工作下，有些复员的工厂又开始恢复军工生产，一系列的非军事工厂大量接受军事订货。在整个国内战争期间，日益强化和集中的军工生产是由红军供应特别委员会来负责的，并且直接向革命军事委员会主席托洛茨基报告进展情况。特别委员会派出的特别代表遍及所有的生产军事物资的工厂。这种特别代表的派出成为当时促进生产率提高的主要甚至是惟一的手段。1918年年底至1919年第一季度，克拉辛在发给托洛茨基的电报中多次提到这一问题。1918年11月29日，克拉辛给托洛茨基发去的电报是这样写的：“在所有开工工厂内弹药和枪支的生产都在地方特派员、米哈伊洛夫、我本人以及整个委员会的不间断地、警惕地监督之下。采取了一切可能的措施来保持和提高生产率。生产率在不断地提高，但当然还不是两倍、三倍那样的速度。在目前设备的情况下，生产率的这种增长是不可想象的，并且总的来说，在枪械厂和机械厂也没有这样的增长，这些工厂的生产率的增长也许会在不几周内有两倍、三倍的增长。”
红军供应特别委员会的工作事实上开始了整个工业转向军事工业生产的历史进程，也开始了苏维埃历史上以“特别委员会”或“特别代表”和命令手段来处理紧急事务、将军工生产视为重点并提供优先发展机遇的时代。到国内战争行将结束时，所有的军工生产都转为最高国民经济委员会来管辖，建立了各种总管理局，苏维埃俄国的国民经济中的军工生产系统已经几乎完全确立并且其比例逐年增长。在此期间，托洛茨基还向最高国民经济委员会提出了在乌拉尔建设第二个军工基地的问题。1919年8月14日，托洛茨基给自己的副手斯克良斯基和这时接任最高国民经济委员会主席的李可夫直线通话：“李可夫。请将我的关于在乌拉尔建设第二个工业基地必要性的报告转呈中央。主要的问题是：工人被不必要的职业上的动员彻底地分散各处。明显要采取反措施，将工人们送回各个工厂。可以采取下述方法行动：1．您制定一个广泛的军事采购计划，为此选择一定的工厂，计算各类工人的需要量；责成工会用强制的手段，比如战时动员，搞到这些工人，并且有权甚至通过与军事部门达成协议的方法，从作战部队中挑选必需的工作人员；2．中心的问题是弹药和步枪。由于有大量的弹药储备，我们南方战线的状况现在是完全有保证的。”在这次通话中托洛茨基还谈到了生产坦克的问题：“尽管已经在加紧生产小坦克和轻型坦克，而我认为必须生产重型坦克，虽然这种坦克的生产在一年内不会开始。”
1920年1月，最高国民经济委员会炮兵工厂总管理局列出了一份军工生产的最主要的工厂，总计为九大类。第一类是生产步枪、机枪和手枪的工厂：土拉枪支厂、伊热夫斯克枪支和铸钢厂、谢斯特罗列茨克枪支厂和科夫罗夫机枪制造厂。第二类是生产7．62毫米口径步枪子弹的工厂：辛比尔斯克弹药工厂、波多尔斯克弹药工厂、土拉弹药工厂、卢甘斯克弹药工厂、莫斯科霰弹铸造及弹药工厂和西乌拉尔工厂。第三类是生产光学仪器的工厂：波多尔斯克光学仪器厂等。第四类是生产雷管、爆炸物、雷管套管和引火剂的工厂：彼得格勒制管工厂、萨马拉制管工厂和平扎制管工厂。第五类是生产火药的工厂：奥赫金斯克火药工厂、喀山火药工厂、坦波夫火药工厂和绍斯特卡火药工厂。第六类是生产步枪和手枪等用的雷管的工厂：奥赫金斯克爆炸物工厂、萨马拉爆炸物工厂、绍斯特卡工厂和特罗伊茨克炮弹厂。第七类是生产各种口径的炮弹的工厂：土拉第一枪支厂、伊热夫斯克枪支和铸钢厂、科夫罗夫机枪制造厂和辛比尔斯克弹药工厂。第八类是生产爆炸物的工厂：萨马拉爆炸物工厂、下诺夫戈罗德爆炸物工厂和莫斯科雷管厂等。第九类是生产炮兵部队所需各种材料的工厂：这些工厂遍布彼得格勒、布良斯克、下诺夫戈罗德、莫斯科及莫斯科州、坦波夫、卡卢加和伏尔加河中游的雪兹兰和萨拉托夫地区。
所有这些工厂不仅支撑了国内战争的需要，而且成了苏维埃国家以重工业为中心的（后来转为优先发展重工业———军事国防工业的）国民经济发展的最初的骨架和基础。