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在黄光裕所涉罪名中，内幕交易罪无疑是让他付出代价最大的，他因此被判9年有期徒刑和6亿元罚金。另外，同样是因犯内幕交易罪，黄光裕之妻杜鹃被判有期徒刑3年6个月、罚金2亿元，许钟民被判有期徒刑3年、罚金1亿元。
在中关村上的失算，是黄光裕个人落败的直接导火索。在一审判决书中，详细披露了黄光裕操作中关村股票的前因后果：
2006年7月，正逢股市低点，黄光裕以旗下的北京鹏泰投资有限公司（下称鹏泰投资）入股中关村，持有29.58％的股份。收购之后，黄光裕进行了一系列债务重组和资产重组。中关村的股价也出现了大幅波动。
2006年10月，鹏泰投资收购中关村48％股权，并承诺将这部分股权转让给中关村。黄光裕的供述显示，2007年5、6月间，中关村承诺以资金方式收购这部分股权，但因资金困难，许钟民及原中关村副董事长段永基向他提出，用中关村持有的33％的启迪控股股份有限公司股权进行置换。资产置换文件经他和许钟民签字，上报中国证监会审批。
自形成意向到发布公告前，黄光裕以个人名义投入近1亿元，买入1000万股左右的中关村股票。
在拟将上市公司中关村与其经营管理的北京鹏泰投资有限公司进行资产置换事项中，黄光裕作为中关村的实际控制人、董事，指令他人于2007年4月27日至6月27日间，使用其实际控制交易的龙燕、王振树等6人的股票账户，累计购入中关村股票976万余股，成交额共计9310万余元，至6月28日公告日时，6个股票账户的账面收益额为348万余元。当天，中关村股票的申买总量、成交总量分别比公告前敏感期内的相应指标上涨了148.52％和65.88％。
黄光裕使用的股票账户，都是指派手下借用身份证开设的。其中的王振树是鹏润大厦保安，竟然是黄光裕亲自出马向他借来了身份证。
随着2007年股市的大涨，2007年6月，黄光裕想以国美公司非上市部分或以鹏润控股公司地产项目置入中关村，并对鹏润控股的项目算账，为借壳做准备。9月28日，杜鹃主持了会议，宣布鹏润控股借壳中关村项目启动。
2007年7、8月间，黄光裕开始新一轮的操作。他安排许钟民、许伟铭在广东地区大量开立个人账户，并从香港调集巨额资金注入个人账户操作买入中关村股票时，就有将鹏润控股公司注入中关村上市的倾向。同年8、9月他开始对鹏润控股公司进行重组。他直接交代下属谢淼收集了一些与公司无关联的个人证件，去开立股票和资金账户。由于账户多，他让杜薇（杜鹃表妹）也来操盘。买卖中关村股票时，他会直接给谢淼、杜薇下指令，有时也通过杜鹃向他们转达。
2007年4、5月间，深圳证券交易所发现有79个股票账户有异动。这些账户都在炒作中关村股票，买入、卖出股票的时间基本一致，并且客户留下的固定电话也经常有固定联系。更为可疑的是，这些股票账户之间竟然有大量的资金往来，而且这些资金大多具有潮汕背景。自2007年7月25日起相对集中开户，并于同年8月13日起集中买入大量中关村股票。此后股票飞涨。
于是，深交所制作了《股票异动简报》上报给中国证监会。中国证监会在阅审后，责成山西证监局进行核查。核查的结果是，中关村的实际控制人正是黄光裕，而黄本人就是广东潮汕人。在核查过程中，对上述股票账户的众多户主进行询问时，答复的版本竟然也惊人地相似。由此稽查人员认为中关村股价异动有进行内幕交易犯罪的嫌疑，并且资金量巨大，于是上报给公安部。公安部又责成北京市公安局负责此案。由此拉开了日后轰动一时的黄光裕案的序幕。
法院认定，黄光裕指令下属使用79人的个人股票账户，累计购入中关村股票1.04亿余股，成交额共计13.22亿余元，至2008年5月7日该信息公告日时，上述股票账户的账面收益额为人民币3.06亿余元。
由于担心股价继续上扬，2007年9月28日，中关村在14.76元的高价停牌，以锁定重组成本。孰料此后A股价格直线下跌，黄光裕势成骑虎。
2008年5月7日，中关村复牌后公布了180亿元的地产注资计划——中关村向控股股东鹏泰投资及一致行动人，以14.67元/股非公开发行12.27亿股（总计180亿元），用于收购鹏润地产。中关村股价当日收于16.24元，5月8日达到17.80元的最高价。
这一重组方案对买方和卖方都不合理，因而注定难以成功。一方面，复牌之后中关村的股价迅速下滑，到2008年8月底已跌破5元。然而黄光裕在注入资产时仍需按停牌前的均价换股，代价过大；另一方面，市场普遍认为，即将注入的鹏润地产的价值被远远高估。
2008年8月底，黄光裕估价180亿元的地产注资计划被董事会否决，打造优质地产公司的梦想化为泡影；而股价也回到四五元的“地板价”，不少对中关村重组充满幻想的投资者深陷其中。
2008年8、9月间，黄光裕打算卖出一部分中关村股票。他直接给杜鹃下达指令，共计卖出两三千万股，变现价值大约1.2亿元，其中1亿元套现资金转给了国美公司……
黄光裕的操盘手法并不复杂，甚至显得过于幼稚。黄光裕亲自挑选的操盘手也并不专业，只有一人有证券公司从业经历，其余都是没有经验的亲信。监管部门调查发现，这些账户的主人根本不知开户之事，他们操控的账户特征太过鲜明：都是新开户，资金量巨大，且在同一时点大进大出。
但让外人特别迷惑不解的是，黄光裕利用内幕消息操纵股市，为何自己却赔得一塌糊涂？
比如在第一阶段的操作中，2007年6月28日是信息公告日，6个股票账户的账面收益额为348万余元，但是他并没有卖。不仅如此，黄光裕还在利好消息正式发布前，以低于买价的价格卖出97万余股，亏损40万余元；在信息公布之后，又以低价卖出13万余股，亏损56万余元，高价卖出508万余股，赢利211万余元；剩余的357万余股一直到他“出事”都没有卖。
而在第二阶段的操作中，黄光裕是从14元/股开始坐庄的，当时股市在6000点左右，没想到股市不但没上万点，却直接奔千点而去了。黄光裕坐庄中关村的结局，是股价泻到2.5元/股。大盘坠落到1800点。黄光裕可谓血本无归。
在法庭上，黄光裕的辩护律师提出，内幕交易的目的在于获利或止损，现有证据证明黄光裕买入中关村股票后并未抛售，其买入股票的目的在于长期持有，而非套现获利，不能认定黄光裕构成内幕交易罪。另外，对于内幕交易犯罪到底是个人犯罪还是单位犯罪都需要证据证实，如果黄光裕炒作中关村股票的资金来源和赢利去向都指向了单位，那么构成内幕交易的则是单位犯罪。
但法院认为，无论黄光裕在买卖中关村股票时所持何种目的，只要作为内幕信息的知情者，在内幕信息价格交易敏感期内买卖该特定证券，无论是否获利，均不影响对内幕交易犯罪性质的认定。法院最终也没有采纳律师所作的此罪为单位犯罪的辩护。
法律人士认为，内幕交易罪的最高刑期是10年，法院对其作出9年的判决几乎是顶格量刑，如此严厉或有杀一儆百之意。
黄光裕如此蹊跷的举动，和一笔高达3亿元的神秘资金有关。他想通过这样一种方式进行变相的行贿，以结交一位神秘的权贵。
事情起因2006年9月，当时的中国银行北京分行前行长牛忠光被捕，牵出了黄光裕兄弟9年前一笔13亿元的违规贷款，公安部门对他们进行了历时半年的有关骗贷、偷税调查。虽然最终黄光裕有惊无险地躲过此劫，但也让他产生了“有钱无权”的深深惶恐，于是他决定寻找一些权力后台当靠山。
黄光裕开始着力培育商务、税务、公安、海关等各个领域的政商关系。但他在用现金贿赂一个背景深厚的“靠山”未果的情况下，便想出了一个变通的方法：为对方提供的3亿元资金进行委托理财，打压中关村股价进行炒作。
但为了掩护这笔3亿元的巨资能顺利、安全地出入，黄光裕最终深陷其中动弹不得。其拙劣的操作手法自然引起了相关监管部门的严重关注，最终导致事发，并将这位中国首富的诸多问题全部牵了出来。