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这里我们难以避免某些历史学的基本理论问题。国内几十年前“以论带史”还是“论从史出”的陈旧争论早已被时代抛弃，国外各种史学理论则或多或少被介绍进来。“真实的历史”初听起来——或者说只是在我们的下意识里——似乎仍然是一个天经地义应该追求的目标，实际上却是难以达到的境界。有人说，如今在美国，谁要是宣称他自己能够获得“真实的历史”，那就将因理论上的陈旧落伍而失去在大学教书的资格。这或许是一种夸张的说法，不过在比较深入的思考之下，“真实的历史”确实已经成为一个难圆之梦。
科学史是跨越科学和历史两大领域的交叉学科，它真正的现代形态直到20世纪方才确立。如今在国内，科学史研究者主要是依附在“科学”的阵营中。例如：作为国内科学史研究“正统”所在、也是中国科学技术史学会挂靠单位的自然科学史研究所，就是属中国科学院管辖；而散布在全国高校中的数学史、物理史、化学史等方面的研究者，通常也都相应在数学系、物理系、化学系任教。这种局面，与国外许多科学史研究者常依附于大学历史系有很大不同。
科学史研究需要专业的科学知识。例如研究天文学史通常要求研究者受过正规的天文学专业训练，研究物理学史则要求有物理学的训练，其他学科基本上也都是如此，这使科学史研究者与一般的历史学家相比显得远不是同一类人，而与本行的科学家似乎更亲近一些。这种亲近感和所受的专业训练，当然也使科学史研究者在感情上更愿意接受“真实的历史”。 (5)
然而就研究的本质而言，科学史与历史学的亲缘关系显然要近得多。将科学史视为历史学的一个分支，在理论上是可行的，在实践中也是有益的。
上面这些问题，以往国内科学史界通常是不考虑的，历史学界也很少考虑。许多论文（包括我自己先前的在内）都想当然地相信自己正在给出“真实的历史”。当然，从另外一个角度看问题的也一直大有人在，例如，思想一向非常活跃的李志超教授曾发表的论述中，有如下的话：
科学史学不无主观性，这已是事实了……科学史作为一门科学，必须力争其成为“信史”，这是“真”的评价。做到这点也是个过程，不是苛求立成的。大家公认这是努力的目标，也就行了。
史而无情，不知其可也！歌颂也好，批判也好，不可无理，更不可无情。……一般史学处理的史事，有善有恶，有成有败，有歌颂也有鞭笞。而科学史处理的史事则主要是善而有成的，因而是歌颂性的。中国科学史至少对中国人是要为后代垂风立范，作为一种道德教材流行于世。……仅仅搜罗发掘史料也不是科学史的最终目标，史料要用之于教。对于文学性的虚拟不必绝对排斥，只要保护史料不受破坏。 (6)
这里“真实的历史”也已被推到似乎是可望而不可即的远处，而套用古人成语的“史而无情，不知其可也”，确实可以成为一句极精彩的名言——当然这也要看从什么角度去理解。然而要将科学史做成“道德教材”，我想如今必定已有越来越多的人不敢苟同了——除非此话别有深意？在这个问题上，重温顾颉刚将近七十年前的论述是有益的，顾颉刚说：
一件事实的美丑善恶同我们没有关系，我们的职务不过说明这一件事实而已。但是政治家要发扬民族精神，教育家要改良风俗，都可以从我们这里取材料去，由他们别择了应用。 (7)
“必须力争其成为信史”与“说明这一件事实”本是相通的，况且科学史所处理的史事也远不都是善而有成的。