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思考不免使人回忆起往事。1986年在山东烟台召开的一次科学史理论研讨会上，本书作者之一江晓原曾发表题为《爱国主义教育不应成为科技史研究的目的》的大会报告，大意是说，如果“主题先行”，以对群众进行爱国主义教育为预先设定的目标，就会妨碍科学史研究之求真——江那时还是“真实的历史”的朴素信仰者。 (18) 报告在会上引起了剧烈争论，致使会议主持人不得不多次吁请与会者不要因为这场争论而妨碍其他议题的讨论。对于这一论点，会上明显分成了两派：反对或持保留态度的，多半是较为年长的科学史研究者；而青年学者们则热情支持并勇敢为之辩护。如果说上述观点当时还显得非常激进的话，那么在十年后的今天，这样的观点对于许多学者来说早已是非常容易接受的了。其实这种观点在本质上与上引顾颉刚七十年前的说法并无不同。
搞科学史研究，越是思考基本的理论问题，“烦恼”也就越多。本来，如果坚信“真实的历史”是可望可即的境界，那就很容易做到理直气壮；或者，一开始就以进行某种道德教育为目的，那虽然不能提供真实的历史，却也完全可以问心无愧（如果再考虑到“真实的历史”本来就可望不可即，就将更加问心无愧）。
然而要是你既不信“真实的历史”为可即，又不愿将进行道德教育预设为自己研究的目的，那科学史到底如何搞法？
其实倒也不必过于烦恼，出路还是有的，而且不止一条。
科学史研究，与其他学术活动一样，是一种智力活动，有它自己的“游戏规则”；按照学术规则运作，这就是科学史研究应有的“搞法”，同时也就使科学史研究具有了意义（什么意义，可以因人而异，见仁见智）。而所谓“搞法”——也就是上面所说的“出路”，比较有成效的至少已有三种：
第一种是实证主义的编年史方法。这种方法在古代史学中早已被使用，也是现代形态的科学史研究中仍在大量使用的方法，在目前国内科学史界则仍是最主要的方法。在中国，这种方法与当年乾嘉诸老的考据之法有一脉相承之处。编年史的方法主要是以年代为线索，对史事进行梳理考证，力图勾画出历史的准确面貌。国内前辈学者的两部同名的《中国天文学史》，就是使用编年史方法的结晶。此法的优点，首先是无论在什么情况下都不可能不在一定程度上使用它。其弊则在于有时难免流于琐碎，或是将研究变成“成就年表”的编制而缺乏深刻的思想。
第二种是思想史学派的概念分析方法。这种方法在科学史研究中的使用，大体到20世纪初才出现。这种方法主张研究原始文献——主要不是为了发现其中有多少成就，而是为了研究这些文献的作者当时究竟是怎么想的，重视的是思想概念的发展和演化。体现这种方法的科学史著作，较著名的有1939年柯瓦雷（A.Koyre）的《伽利略研究》和1949年巴特菲尔德（H.Butterfield）的《近代科学的起源》等。巴特菲尔德反对将科学史研究变成编制“成就年表”的工作，认为如果这样的话：
我们这部科学史的整个结构就是无生命的，它的整个形式也就受到了歪曲。事实已经证明，了解早期科学家们遭受的失败和他们提出的错误的假说，考察在特定时期中看来是不可逾越的特殊的知识障碍，甚至研究虽已陷入盲谷，但总的来说对科学进步仍有影响的那些科学发展的过程，几乎是更为有益的。 (19)
思想史学派的概念分析方法以及在这种方法指导下所产生的研究成果，在国内科学史界影响很小。至于国内近年亦有标举为“科学思想史”的著作，则属于另外一种路数——国内似乎通常将“科学思想史”理解为科学史下面的一个分支，而不是一种指导科学史研究的方法。
与上述两种方法并列的，是20世纪出现的第三种方法，即社会学的方法。1931年，前苏联科学史家在第二届国际科学史大会上发表了题为《牛顿〈原理〉的社会经济根源》的论文，标志着马克思主义特有的科学史研究方法的出现。这种方法此后得到一些左翼科学史家的追随，1939年贝尔纳（J.D.Bemal）的《科学的社会功能》是这方面有代表性的著作。而几乎与此同时，默顿（R.K.Merton）的名著《十七世纪英国的科学、技术与社会》（1938年）也问世了，成为科学社会学方面开创性的著作，这是以社会学方法研究科学史的更重要的派别。
以上三种方法，从本质上说未必有优劣高下之分，在使用时也很难截然分开。然而思想史和社会学的方法，作为后起的科学史研究方法，确实有将科学史研究从古老的编年史方法进一步引向深入之功。至于这两种方法相互之间的关系和作用，吴国盛有很好的认识：
思想史和社会史方法作为对科学发展的两种解释，有它们各自独到的地方，但也都有不足之处。这些不足之处虽已被广泛而且深入地讨论过，但是一种新的对内史和外史的更高层次的综合尚未出现，也许，以新的综合取代它们根本就是不可能的，也许在理解科学的发展方面，它们都享有基础地位，唯有两者的互补才能构成一部完整的科学史。 (20)
其实传统的编年史方法正是以前作纯内史研究的不二法门，国内以往大量的科学史论著都证明了这一点（然而真正的深湛之作，却也不能不适度引入思想史方法），而成功的外史研究则无论如何不能不借助于社会学的方法。