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一、引言和绪论导读
跟许多重大科学发现和技术发明一样，达尔文进化学说的诞生主要得助于三个方面：一是历史思想财富的继承和精练；二是大量直接和间接科学实践的累积；三是科学灵感的点燃。关于历史上进化思想财富的继承，达尔文在他这部科学巨著和哲学宏论的开首，便以“引言”的形式简述了34位先行者的工作。其实，进化思想源远流长，涉及面广，与达尔文学说的诞生关系密切。为了帮助读者对这一历史背景有更多的了解，这里再做些补充和简介。
在绪论中，达尔文介绍了他一生中两件后来导源出进化学说的最为重大的科学实践，一是1831年刚刚从剑桥大学基督学院（请注意：不是人们经常误传的“神学院”；其实剑桥大学没有神学院）毕业后便以船长的高级陪侍和兼职博物学者的双重身份投身历时五年的贝格尔号舰的环球旅行。广泛搜集和深入观察所得来的大量自然界中物种变化的事实，对年轻达尔文头脑中的自然神学观念产生了强烈撞击。此后的三年间（1836年至1839年），他认真思考了由这次环球考察所提出的种种问题，最终放弃了神学信仰。他在回忆录中写道：“正是在1836年至1839年间，我逐渐认识到，《旧约全书》中有明显伪造世界历史的东西……我逐渐不再相信基督是神的化身，以致最后完全不信神了。”1837年7月至1838年2月他撰写了两篇物种演变的笔记，至此，他已认识到所有物种绝非上帝所造，而是由先前存在的其他物种逐渐演变的产物。导致达尔文学说诞生的另一长期实践是他在农作物的人工培植和家养动物人工饲养上直接和间接的工作经验。我们都知道，达尔文进化论的精髓之一是自然选择理论。然而，自然选择常常是一个极其缓慢的自然过程，很难有幸在短促的人生中直接观察得到。于是，作者从与自然选择异曲同工的人工选择入手，先论证家养动植物的微小变异，为了迎合人类本身的某种需要而不断被“人为选择”和积累，从而产生了新品种以致新物种。正是达尔文这种广博而精细的人工选择和深入观察，为科学界接受他的自然选择理论启开了半扇大门。
达尔文进化论的诞生还得益于两次科学灵感的激发，一次是加拉帕戈斯群岛上鸟雀通过不断变异而产生新物种的事实启发了达尔文“物种可变”思想的形成；另一次则是马尔萨斯的《人口论》使达尔文联想到，生存斗争驱使物种不断因适应环境而演变的主要动力应该是自然选择作用。1836年底结束贝格尔号航行回到英国之后，达尔文将他从太平洋加拉帕戈斯群岛上带回的雀类标本交给鸟类专家J.古尔德研究。经过反复比较论证后，古尔德明确表示，其中有些原来被认为属于同一物种内的不同变种或亚种的标本，实际上应该代表着完全不同的物种。由此，达尔文敏锐地领悟到，物种是可变的，一个物种完全可以通过渐变或“间断平衡”的方式演变成另一个新物种。1837年达尔文在他的物种演化笔记中首次勾勒出了言简意赅的动物演化树示意图（“Branching Tree”）（请参见本书正文54页的图）。
由物种可变或生物演化的观念到真正创立一个有说服力的进化理论，还必须解决生物演化的机制和驱动力问题。在达尔文之前，拉马克等一批早期进化论者也曾试图探索生物演化的机制，但均未成功。正在这时，是马尔萨斯的《人口论》恰如捅破了一层窗户纸，给达尔文带来很大的灵感启迪，催生了“生存斗争、优胜劣汰”的自然选择理论的形成。他在回忆录中写道：“1838年10月……为了消遣，我偶尔翻阅了马尔萨斯的《人口论》。按当时对各种动植物生活方式的观察，我已胸有成竹，完全能够正确估价这种随时随地都在发生着的生存斗争的意义。于是，我头脑里便马上形成了这样一个想法：在这种生存斗争条件下，有利变异必然趋于保存，而不利变异应该趋于消亡，其结果必然导致新物种的形成。于是，我终于形成了一个能用来指导我工作的理论。”他所说的这个“理论”，就是他本人后来逐步完善的自然选择理论。
在第一版原作中，并没有“引言”。至第三版才增添了该“引言”部分。在这里，达尔文介绍了近代进化思想的渊源。然而，对那时两位伟大的进化论先驱者——法国的布丰和拉马克介绍得过于简略。当年达尔文为什么要这样做？到底是他的疏忽，还是有意为之，现在很难说得清楚。但无论如何，我们有必要在这里做些客观的补充。
布丰（Buffon）在进化思想史上占有特殊的地位，他是第一个从科学上讨论物种变异的人，也是一个颇有争议的人物。布丰早年信奉物种不变论。在他54岁时，产生进化思想，然而在60岁以后，很可能由于其贵族阶层固有的软弱性，终又皈依物种不变论的阵营。由此看来，进化思想的发展历程，与其说是学术思想之争，不如说是一场旷日持久的政治思想斗争，在这里，斗争的勇气至关重要。回顾整个进化思想发展史，可以看出，欧洲进化的思想源自古希腊，历经2000年的休眠，至17世纪才再度发萌。这时，尽管有不少学者在探索、在讨论、在挑战，但终因宗教界的强力压制，只能在地下蠢蠢欲动，难以破土而出、形成气候。连林奈这样的大智大慧者明知物种在变，也为宗教势力所屈服，最终仍是沦为物种不变论的守护神。（只要不是圣贤，都会本能地趋利避害、明哲保身；“保命要紧，保全既得荣誉地位也要紧”常是第一选择。林奈是这样，布丰是这样，居维叶更是这样，后者还干过落井下石的勾当。恰好在这一点上，达尔文、哥白尼、伽利略最接近圣贤！）布丰对进化思想的主要贡献，并不完全限于其本身的学术著作，而是他亲手培养了拉马克（J.Lamarck，1744—1829）和圣提雷尔（Saint-hilaire，1772—1844）两个直竖造反大旗的学生。尤其是前者，实为进化论的第一奠基人。
拉马克，出身戎伍，27岁时在巴黎银行供职，业余研究植物学，极其勤奋，七年后完成“全法植物志”，开始闻名于世；此后，兼攻无脊椎动物学。50岁时，被聘为巴黎博物院无脊椎动物学教授。1809年出版《动物学哲学》，从而创立了以渐变论为基调的生物进化论。
拉马克的进化学说主要包括两个方面：（1）一切物种，包括人类在内，都是由别的物种传衍而来；生物变异和进化是连续、缓慢的过程。他观察到，化石生物越是古老便越低级、越简单，反之，则与现代生物越相似。（2）在演化机制上，他突出强调环境的作用：环境变化使生物发生适应性变化；而环境的多样性便自然构成了生物多样性的主要原因。在进化的动因上，即生物遗传变异方面，他提出了两条著名的法则。第一法则：凡是尚未达到最大发展限度的生物，其器官如使用得越多便越发达，反之，长期不用，则会削弱和衰退，直至消亡，简称为用进废退。第二法则：获得性遗传，即生物由于后天变化所获得的性状是可以遗传的（该法则正确与否，文后的“附录”还将讨论）。拉马克学说，虽然没有形成严密完整的体系，但在19世纪后期至20世纪前期，却赢得了众多的信奉者。
[评述：达尔文对进化论的贡献主要体现在三个方面：物种可变，自然选择，“生命之树”猜想。前两点已经被各种教材和评论文章反复陈述，而最后一点却常被人们所忽略。值得注意的是，达尔文在本书“引言”中不仅明确记述了30余人先于他提出了物种可变思想，而且还坦诚承认，至少有另外2人捷足先登提出了自然选择思想。这就是说，尽管达尔文在物种可变和自然选择思想论证上的贡献无人能望其项背，但他却不拥有这一伟大思想的首创权。但是，对于“生命之树”猜想，情况就不一样了。我们都知道：“进化论是生物学中最大的统一理论”。那么，它最核心的灵魂到底是什么呢？著名进化论者张昀的看法一语中的：“现代进化概念的核心是‘万物同源’及分化、发展的思想”（1998年，《生物进化》）。显然，从本书第四章的“性状趋异”一节以后的文字及原书中的唯一插图（正文第70页）可以看出，达尔文是“生命之树”猜想的缔造者。与此相反，拉马克最令人遗憾的学术失误莫过于他不慎落入了当时仍在流行的“简单生命可以不断自发地从无机物中产生出来”的忽悠圈套，从而武断地推测，在过去任何地质时期也同样会不断“自发地”产生出新的简单生命，此后它们沿着各自的路线分别向较为复杂的生命步步渐变。其结果十分不妙：使他误导出了与“万物共祖”背离的所谓“平行演化”假说（请见本书正文第75页以及鲍勒的《进化思想史》，1989年）。这是一代伟人的悲哀。]
二、第1章至第5章导读：自然选择和万物共祖学说的建立
这一部分是全书的主体，在这里作者成功地创立了他的进化理论的核心——自然选择和万物共祖学说。前两章，作者通过详细的观察，分别列举了大量的家养动植物与自然状态下的动植物的变异现象。在自然界无时不有、无处不在的形形色色的生存斗争中，生物的各种微小变异无可避免地都要经受自然选择作用的“筛选”：对生物适应有利的变异便得以保存和积累，不利的变异则终究要遭受淘汰。正是这种无可回避的自然选择作用，构成了生物不断由一个物种演变成另一物种的基本驱动力。
第1章，家养状态下的变异。 作者之所以在开首第1章就优先论证家养状态下生物变异的普遍性，这是因为变异是自然选择的基本“原料”。假若没有变异，那自然选择将成为无米之炊。但为什么作者不直接讨论自然状态下的变异，而要先研究家养状态下的变异呢？正如达尔文本人指出的那样，家养状态下的生活条件远不如在自然状态下的条件稳定均一，因而变异更大、更显著、更易于观察、更为人们所熟知。由显见的家养状态下的变异入手，然后再用类比的方法，逐步深入到较难于观察到的自然界中的微小变异，应当是人们认识复杂事物本质属性的常规逻辑。由显而微，先易后难，这也正是达尔文论证方法的高明之处。这一章的主要内容包括：
1. 生物变异具有普遍性，几乎没有生物不发生变异。
2. 变异的原因：内因是生物的本性，外因是生活条件；内因比外因更为重要，它决定了变异的性质和方向。 [评述：达尔文的判断是正确的，但当时的科学界尚未认识到，这个“内因”主要寓寄于基因（即DNA的片段）的形形色色的遗传变化上]。
3. 生活条件的变化，对引发变异极为重要，它能直接作用于生物体，也能间接地影响到生殖器官。
4. 变异的性质包括一定变异和不定变异。一定变异，或称定向变异，是指在同样生活条件下，几乎所有个体都发生相似的变异。不定变异，或称非定向变异，是指在相同的生活条件下的个体发生了各不相同的变异。这时生物的内在特性起决定作用。
5. 变异的一些规律：用进废退：器官构造凡经常使用的，则发达，凡不经常使用的，则退化 （评述：这是沿用了拉马克等人的观点）。 相关变异：许多器官间彼此密切相关，其中一个器官发生变异，常可以引起相关的器官也随之变异。
6. 生物皆具有稳定的遗传性，于是才能保证鸡生鸡，狗生狗；生物的大多数变异可以遗传下去。
7. 达尔文接受了拉马克“获得性遗传”的理论，即生物后天获得的性状可以遗传给后代。 [评述：过去的一个多世纪里，这一点一直未能在后来的遗传学实验中得到验证，因而常遭到传统遗传学的诟病。然而，最近表观遗传学（Epigenetics）的新进展显示，它有可能是自然选择理论的一个补充，而不是与后者对立或互相排斥的一种假说。探索仍在进行中，似可拭目以待]。
8. 有些性状极易发生变异。通过人工选择可使性状分歧定向发展，从而形成许多形态上相差很远的新品种。达尔文对近150个家鸽品种的比较研究表明，它们皆起源于一个叫岩鸽的野生种。
9. 在家养动植物的各种变异中，人类总是刻意选择、保留那些对人类有利的、而不一定对动植物本身有益的性状变异，通过逐代积累，以培育出新品种。所以人工选择具有创造性。
10. 人工选择的基本方法有二：一是择优，二是汰劣，或称剪除“无赖汉”。
11. 人工选择包括有意识选择和无意识选择。前者目的十分明确，计划周全，能在较短时期内培育出新品种；而后者则无明确目标，只是一般性的择优而育，因而需要漫长的过程才能产生新品种。
第2章，自然状态下的变异。 自然选择是一个重大主题，不大容易一下子说得明白。而且自然选择过程进展十分缓慢，一个人的有生之年，难于观察到极明显的变异现象，所以在论述家养状态下的变异及人工选择之后，达尔文并没有一下子直接切入自然选择这一主题，而是按照自然选择的“原料”（变异）——自然选择的“工具”（生存斗争）——自然选择的必然结果（适者生存）的逻辑顺序分步逐层推进的。这一章的主要内容包括：
1. 举出大量事实论证了自然状态下变异的普遍性。
2. 有些生物类型，到底应该定为物种，还是视作物种之下的变种，有时很难判定，因此，我们称这些类型为可疑物种。这一事实表明，任何物种，都是经过变种阶段逐渐演化而来的。变种实际上是初期物种。
3. 常见的物种分布十分广泛，其生活环境也更为多样化，因而变异也更大。
4. 同样的道理，我们也可以观察到另一事实，就是大属内的物种比小属内的物种变异更为频繁。
第3章，生存斗争。 生存斗争理论是自然选择学说的关键。没有生存斗争，便没有自然选择。达尔文的生存斗争学说受马尔萨斯《人口论》的启发，但又与后者有别。达尔文强调生存斗争并不一定都是血淋淋的，它只是广义的、喻意的，包括生物与环境的依存关系，强调生命体系的维持，还强调成功地传衍后代。
1. 生存斗争的内容包括三个方面：（1）生物同无机环境的斗争；（2）种间斗争；（3）种内斗争。 （评述：在这里，达尔文似乎过分强调了种内斗争的残酷性，而在一定程度上忽视了种内的各种协作共存。实际上，任何物种为了自身的生存和繁衍利益，都必须学会协作共存。自然选择让它们懂得“大我”与“小我”的辩证关系。）
2. 斗争的原因：高繁殖率与食物和生存空间有限性的矛盾。
（评述：从学术思想的“优先律”规则上看，自然选择理论似乎应该是达尔文和华莱士共同创立的，因为该假说是他们于1858年7月1日联名在伦敦林奈学会共同发表的。然而，正如达尔文在《物种起源》的“引言”中所述，早在1813年威尔斯先生就提出了这一见解，尽管没有充分论述。）
第4章，自然选择即适者生存。 这一章是达尔文进化论的核心和灵魂。在前两章充分讨论自然选择的原料（变异）和自然选择的工具（生存斗争）之后，本章着重论证在各种各样生存斗争中表现出来的适者生存，即生活环境对有利变异的选择作用及选择的结果，这的确是水到渠成的事了。那么，自然选择的最终结果是什么呢？是万物共祖的生命之树的诞生，不断发展更替的生命之树的繁衍。
1. 自然选择理论的要点：（1）生物普遍具有变异性，其中许多变异是可以遗传的。（2）生物广泛存在着生殖过剩，与其食物和生存空间构成的尖锐矛盾，必然导致形形色色的生存斗争或生存竞争。在生存斗争中，绝大多数个体死亡而不留下后代，只有少数个体得以生存并传衍后代。一般说来，在生存斗争中这些少数的成功者，就是那些具有有利变异的个体。（3）自然选择，就是适者生存，它是保存有利变异、淘汰有害变异的自然过程。（4）性选择也是一种广义的自然选择。与生存斗争中的“适者生存”相类似，性选择使“适者遗传”。不过，有时它也与狭义的自然选择作用相对立，因为不少有利于性选择的性状并不利于生物的生存，如雄孔雀巨幅的漂亮尾羽。（5）自然选择其实只是一种比喻，“自然”是指生物赖以生存的各种有机和无机环境条件，这里不存在神的意识作用。（6）文中举出了大量动植物经受自然选择作用的例证，其中狼与鹿的生存斗争，相互选择、共同进化的例子最为人所知：面对敏捷的鹿，“只有最敏捷、最狡猾的狼才能获得最好的生存机会，因而被保存或被选择下来”。另一方面，弱小病残的鹿最易成为狼的佳肴，结果是最敏捷的鹿被保存和被选择下来。
2. 自然选择与人工选择的差异：（1）选择的主动者不同，前者是“大自然”，后者则主要是人类的意愿。（2）被选择的性状特征不同，前者选择并积累那些对生物本身有利的性状，而后者选择了只对人类有益的性状特征。
3. 自然选择的结果，包括两个方面：一是生物对环境的适应性；二是形成新物种。
4. 达尔文适应理论的要点：（1）生物对环境的适应极为普遍，不仅见于形态构造，也见于生理机能、行为和习性。（2）适应是自然选择的结果；自然选择不断将有利变异保存和积累起来，必然造成生物对环境条件的进一步适应。达尔文不否认拉马克的用进废退和获得性遗传理论，但他认为这个理论远不足以解释形形色色的适应性的起源。（3）适应不是绝对的而是相对的，其根本原因在于环境的不断变化。（4）适应具有多向性，从而造成生物的广泛多样性。达尔文指出狼在生存斗争中可以分化出不同的变种，如在美国一些山地，有轻快敏捷型变种，也有体大腿短靠偷袭羊群为生的变种。（5）达尔文用自然选择论证适应起源的重大意义，在于它推翻了目的论。目的论认为，生物的适应是上帝在创造生灵时预先安排好了的：上帝创造猫是为了捕鼠，而创造鼠便是为了被猫吃；生物之所以被创造得如此之美，目的是为了供人类欣赏。显然，这是无稽之谈。因为在人类出现之前，这些生物便早就存在于世了，
5. 新物种的形成是自然选择的创造性结果：（1）物种形成的先决条件是可遗传的变异。（2）物种形成的基本动力是自然选择，使那些可遗传的变异不断得以保存和积累，经过变种阶段、最后形成独立物种。换句话说，正如人工选择通过性状分歧可以形成新品种一样，自然选择也可以通过性状分歧和众多中间过渡类型的绝灭，形成新变种和新物种。（3）那些分布广、个体数目多的常见物种，面临着各种不同的无机和有机环境条件，由于自然选择作用，最容易形成各不相同的适应特征并使旧物种和中间过渡类型消亡，从而引发性状分歧，因而最易产生“显著变种”，即“初期物种”。（4）达尔文认为物种形成是逐渐、缓慢的过程，因而达尔文学说又被称做“渐变论”。其实，他的成种理论还隐含着“间断平衡”思想，这一点常被人们所忽视。 （评述：尽管达尔文在物种形成过程中也提到或暗示出隔离的作用，但并未予以强调。实际上，现代群体遗传理论认为，物种形成除了可遗传的变异和自然选择两个基本因素之外，还必须有隔离作用。物种的形成是种内连续性的间断。如无“隔离”，种内将继续共享一个基因库，结果将无法实现“间断”，即无法形成新物种。隔离作用包括地理隔离、生态隔离、季节隔离以及各种遗传性隔离等。此外，还需指出，古生物学和现代遗传学都证实，物种形成有两种基本形式，即除了渐变成种之外，还存在着许多快速突变成种的现象。）
6. 本章包含了原书唯一的一幅插图（第70页），它表达了作者的进化理论核心的核心，即万物共祖思想或生命之树思想。这一思想仍是当代进化论的灵魂。生命之树思想的诞生是自然选择作用的历史必然：自然选择能不断引发物种的性状趋异，能不断形成新物种，同时也不断地迫使一些不适应的物种绝灭。其历史结果是，由共同祖先衍生出来的大量后裔们便构成了各种不同的谱系演化树，并最终汇集成统一的地球生命之树。现代遗传学支持了万物共祖的生命之树猜想的正确性，因为所有地球生命共享同一套遗传密码，并采用同一种方式传衍。
第5章，变异的法则。 遗传学是生物进化论的重要基础，但遗憾的是，达尔文时代尚未形成遗传学，人们对遗传和变异的机理几乎一无所知。达尔文坦诚地承认：“关于变异的法则，我们几乎毫无所知。”尽管如此，达尔文运用“比较的方法”，仍然通过仔细的观察总结出一些变异的法则，的确难能可贵。
1. 环境条件与非环境条件（注：暗指生物本性）皆可引起变异，而且后者（内因）比前者（外因）更为重要。
2. 器官如果不断使用，则可以得到增强；不使用则退化、减缩，即“用进废退”。
3. 相关变异律：某些器官变异被自然选择累积时，与此相关的器官也会随之发生变异。
4. 由于重复构造、残迹构造和低等级构造不受或较少受自然选择的作用，所以更易于发生变异。
5. 种征比属征形成得晚，稳定性较差，因而易于变异。
（评述：受当时科学发展水平所限，达尔文进化论的缺陷集中体现在遗传学方面。但另一方面，即使未能了解遗传学的内在机理，达尔文在论证变异的普遍性和可遗传性之后，凭借自己的科学悟性，同样成功地建立了自然选择学说。这算得上是一种天才的推理学说。后人将遗传学与自然选择学说综合在一起，使之更为完善，最终发展成为较完善的“现代达尔文主义”或“综合论”。值得注意的是，现代发育生物学、分子生物学和古生物学的新发现将使进化生物学获得进一步发展而走向完善。）
三、第10章导读：进化学说的各种难点及其化解
前述五章主要从正面论述并建立起了遗传变异——生存斗争——自然选择——物种起源和万物共祖或生命之树学说。在第6至第10章中作者设想站在反对者的立场上给进化学说提出了一系列质疑；然后再逐一作答或解释，使之归于化解。这正体现了作者的勇气和学说本身不可战胜的生命力。
第6章，进化学说的难点。 本章一开首便系统地提出进化理论可能遇到的四个方面的主要难题。（1）既然物种是逐渐演变的，那为何在世界上我们不能随处都见到数不清的中间过渡演化类型呢？（2）像蝙蝠身上那些十分特别的器官构造和习性能从构造和习性上极不相同的动物那里演化而来吗？自然选择果真如此神奇，既能产生一些普通的器官构造，又能创造出像眼睛那样一些奇妙的器官构造吗？（3）生物的本能特性可以通过自然选择产生出来并为自然选择所改变吗？（4）自然选择理论对种间杂交不育性和变种杂交可育性能作出合理的解释吗？对前两大难题，本章将予以回答；而对后两个难题以及其他一些质疑，作者将在后续章节中逐一予以讨论。
1. 无论是在空间分布上，还是在时间延续分布上，中间过渡型物种极为少见甚至缺乏，可以由下述事实进行说明：无论是自然界的藤壶，还是家养的绵羊，或是其他类型的生物，它们在广大空间分布范围上常表现出如下规律，即两个不同变种各占据着较大的地理分布空间，在介于其间的过渡型变种常常只占据较为狭小的地带，而且其数量也比这两个主要变种要少得多。无疑，在生存斗争中，这些数量较少的中间类型极易被这两个主要变种所排斥和取代而最终归于消亡。于是这两个变种便演化成两个有显著区别的新物种，而中间类型归于消亡。由于同样的原因，在时间序列上，中间过渡类型在数量上也总是居于劣势，在生存斗争中极难逃脱灭亡的命运。物种演化的这种时空分布特征，常使我们在化石记录中只能看到彼此区别显著的不同物种，而极难见到其间逐渐演化的过渡类型。
2. 为了论证一些生物由于生活习性的变化（如从陆生变成水生），其形态构造也必然发生相应的过渡，作者举出水貂的例子：冬季它在陆上捕鼠为生，夏天则畅游水中，以鱼为食，因而它发育了特有的蹼。为了证明蝙蝠原本由食虫的四足动物演化而来，作者列出了一系列从扁平尾巴的松鼠、到初具滑翔能力皮膜的飞狐猴等中间形态类型，应该是很有说服力的。
3. 对于极为完善而复杂的器官，如动物的眼睛，是否能由自然选择作用而形成，的确很难找到直接证据。不过作者也列举了许多间接证据。一方面，在形态学中人们可以看到，脊椎动物的视觉器官的确从低等的无头类文昌鱼，到各种有头类（鱼和两栖类、爬行类、直至人类），是不断复杂化的。在分节动物中，原始的类别仅有瞳孔状构造，进而出现晶状体，最后才分异成多种多样的复杂构造。另一方面，在人类早期胚胎发育中，其眼球晶体也极为简单。所有这些，不能不使我们理性地相信，眼睛很可能是自然选择长期作用的产物。
此外，作者还列举了一些昆虫呼吸器官的形成、硬骨鱼类的鳔演化成后来陆生脊椎动物的肺并使鳃退化等事实，证明主要是自然选择的力量造成了器官功能及构造的转变或过渡。
当然，自然选择学说似乎还存在一些很大的难点，如一些鱼类如何产生了奇异的发电器官。而且，有些发电鱼的亲缘关系相去很远，不可能通过谱系遗传而形成。其实，这些发电器官不是同源器官，而只不过是同功器官。它们原本来自于不同谱系的祖先，只是由于遭受相似的自然选择压力而产生了相似的适应功能罢了。类似的现象在生物界屡见不鲜，如昆虫的翅、鸟类的羽翼和蝙蝠的皮翼都是这样。进而，作者列举了一些异常适应的例子，如盔兰属唇瓣下的“水桶状构造”的精巧，都是天工造物，都是生物长期变异、不断选择适应的结果。“各种高度发展的生物，都经历了无数的变异，并且每一个变异了的构造都有被遗传下去的趋向。”在此，他再次引用了一句古老格言，作为他的渐变式进化理论的别称：“自然界里没有飞跃。” （评述：“自然界里没有飞跃”的说法有一半是正确的，但显然不能将它绝对化。自然界里由于常规过程中突发而生的“飞来横祸”并不少见，它们多导致各种演化进程中的“飞跃”现象）。
自然选择的另一个难题是：既然自然选择是通过生死存亡的斗争才使最适者生存下来，那么，这些得以生存和发展的生物却为何保留了表面上看来不大重要的器官？其实，有些表面上不重要的器官，如长颈鹿和牛的尾巴，在驱赶苍蝇，求得生存斗争中的主动权上举足轻重。有些构造，如一些陆生动物的尾巴，现在对生物体已经不甚重要，但对其水生祖先却极为重要。
达尔文还在这里成功地驳斥了“目的论”。这一唯心论认定大自然各种各样美丽的东西，都是上帝特意创造出来专供人类欣赏的。假如果真如此的话，远在人类出现之前，许许多多极为美丽的东西，如鹦鹉螺、硅藻壳、艳丽的花朵、华美的蝴蝶该作何解释呢？其实，所有这些都不过是自然选择和性选择的结果。
第7章，对自然选择学说的种种异议。 这一章是在第6版即最后一版才加进去的，此时离第一版面世已过去了13年。其间“万物共祖”思想得到学界越来越多的认同。然而，对自然选择学说却有不少人提出了质疑。在质疑者队伍中，既有公开反对进化论的，如瑞典植物学权威奈格利和英国动物学家米瓦特，也有支持进化论的德国古生物学家布朗等。显然，此时此刻如果再不及时地对这些主要质疑给予恰当的回答和解释，自然选择学说将有可能失去其学说的资格。所以，事不宜迟，达尔文在这里专辟一章讨论和驳斥了反对自然选择学说的各种主要异议和挑战。
1. 有人质疑，长寿显然对所有生物都有益，但为何在同一谱系中，后代并不一定总比其前代更加长寿。对此作者引用了兰克斯特先生的研究结果作答：长寿问题多与各物种的体制等级有关，也与新陈代谢和生殖过程中的能量耗损相关，而这些因素多由自然选择决定。
2. 有人提出，在过去三四千年间埃及的动植物皆无变化。达尔文认为，在过去数千年间，环境条件极为一致，所以生物发生的变异不能保存下来。而且，至少，这些三四千年前的动植物，不是凭空而来；它们应该是从其原始类型变异而来的。
3. 有人认为，有些性状对生物没有什么用处，因而不受自然选择的影响。达尔文列举了许多事例证明，有些性状之所以被认为无用，是因为人们对它认识不足所致；其实它们十分重要。其次，相关变异法则和自发变异也会导致某些性状的变异。
4. 对于有人主张生物具有朝着不断完善自身并向进步方向发展的内在趋向，达尔文则不以为然，因为生物构造既有进化，也有退化。但另一方面，通过自然选择的连续作用，器官会愈益专业化和功能分化，从而使生物朝进步性方向发展。
5. 另一种异议是自然选择学说无法说明有用的器官构造在形成初期的变化原理。作者用长颈鹿何以获得长颈进行了合理的推论。比目鱼的情况也是这样，在其某一侧的眼睛向另一侧转移的初期，总伴随着两眼努力向上看的习性，这对个体和物种无疑都有益，而不是有害。
6. 作为渐变论者，达尔文排斥任何由突然变化而形成新物种的可能。 [评述：值得指出的是，现代揭示出来的演化事实表明，在我们这个多次遭受重大灾变的星球上（我们的卫星拍摄到的月球表面大大小小的陨石坑清楚地显示，地球曾无数次惨遭轰击）。无疑，其上的生物界的演化也随之极其复杂多样：其渐变、突变甚至跃变长期并存、相互转化。不少实验观察还显示，某些环境变化可导致一些特殊基因突变而形成新物种。]
第8章，本能。 动物的本能，是一种先天性的精神能力。要论证它是自然选择的结果，显然，要比证实自然选择导致了生物形态构造逐步变化而形成新物种更困难得多。在这里，作者采用了与本书前五章相似的论证手法。首先，作者观察到在家养状态下的动物本能远不如自然状态的本能那样稳定，更易发生变异；严重的还会完全丧失其原有本能，并获得新的本能。连续不断的杂交和人工选择便能使这些变异连续发生并不断积累而加强。各种狗（如向导狗、牧羊狗和猎狗）和翻飞鸽特殊本能的产生便是很好的例证。接着，达尔文阐明了本能在自然状态下也会发生轻微的变异。至此，最合理的推论就应该是：由于本能对动物体至关重要，那么在生活条件变化时，自然选择作用一定会保留那些在本能上微小的有利变异，并将它逐步积累起来。在这里，我们看到自然选择作用于身体构造的原理和方式，完全适用于它对本能的作用。
达尔文花了相当篇幅，详细描述了几种动物的特殊本能，如小杜鹃能将其义兄弟们逐出巢外，有些蚂蚁会养奴隶，而姬蜂科幼虫能寄生在青虫体内。所有这些本能的逐步形成，在“遗传——变异——最强者生存、最弱者死亡”的自然选择法则下无疑都会得到最合理的解释。
有人举出所谓非雌非雄的中性昆虫和不育昆虫来反对本能的起源是由于自然选择的结果。达尔文的回答是，这与一些家养状态下不育的动植物属于同一道理。既然去势公牛从不繁殖，重瓣不育的花从不结实，但它们都可以由人工选择方法获得，那么毫不奇怪，自然选择也就能造就对社会性昆虫群体有益的不育昆虫了。
第9章，杂种性质。 本章讨论不同物种或变种杂交后能否生育；所形成的杂种后代能否生育；以及这两种不育性的起因。作者从大量事例中发现：
1. 不同物种首次杂交后不育性的程度因物种而异，有完全不育的，也有完全能育的，更有大量介于其间的各种等级。其杂种的不育性也呈现类似的情况。
2. 过去，作者跟其他许多人一样，误认为首次杂交不育和杂种的不育性是自然选择的结果。但他现在认为，这些不育性与自然选择无关。首次杂交不育可能有多种原因，其中最主要的原因是胚胎的早期死亡。而杂种不育的主要原因仅在于雌雄生殖质上的差异。
3. 同一物种内不同变种杂交的能育性及其后代（混种）的能育性的程度各不相同，甚至也有完全不育的。即是说，物种杂交与变种杂交在能育性方面只有量的差别，而无本质上的差别。当变种的能育性减小到一定程度、甚至出现不育性时，人们常习惯称其为不同物种。也就是说，物种与变种之间并没有截然界限。由此，人们很容易明白：“物种原本是由变种而来的”。
第10章，论地质记录的不完全性。 在本章和下一章里，达尔文试图从地质历史记录的保存特点及地史时期古生物的保存记录的不完整性来论证其学说的两个基本要点：（1）地史时期的所有生物都是不断演变的，而且是由最初一个或少数几个共同祖先随时间推移而逐步演化出来的；（2）生物演化的驱动机制是生物的变异性和自然选择。我们知道，达尔文时代的地史学比起现代地史学有很大的差距；现代地史学的最大进步就在于，20世纪初放射性同位素测年技术应用于地史学研究之后，人们不仅有了更精确的地史事件的相对年龄，而且还可以获得关于地球各演化阶段十分精确的绝对年龄值了。跟现代地史测年值相比，书中所提到当时猜测的地史发展年龄误差太大。为帮助读者正确领会地球发展史，下面补充介绍最新有关的地质年龄数据。
我们所在的宇宙快速形成于约135亿年前的一次大爆炸事件，过了约85亿年后才出现了第二代恒星太阳，再过了约5亿年，才形成了我们居住的行星地球。此后几千万年至3亿年间，地球的表面温度下降至100摄氏度以下，通过冷凝降水形成了原始海洋；这期间，地球很可能多次遭受巨大陨石的撞击，而使全球海洋全部蒸干（科学家计算指出，一个约500公里直径的陨石撞击，足可以使地球海洋全部蒸干）。这种过程也许在地球早期重复过多次。现保存下来的地球最早的沉积岩年龄约为40亿年；最早显示生命存在的有机物为38.5亿年；已在澳大利亚和非洲发现最古老的生命（古细菌等）为35亿年。地球上具有细胞核的真核细胞生物约出现于21亿年前，而确证为多细胞动物的历史则较短，不超过6亿年。在距今约5.4亿年前的早寒武世前后，发生了整个生命史上最为壮观的动物创新事件，即在约占地球生命史1%的时间里（从距今5.6亿年至5.25亿年前），分三幕爆发式地产生了地球上绝大多数动物门类，俗称“寒武纪生物大爆发”，简称“寒武大爆发亿年前至今）。中生代即书中的“第二纪”；而新生代又包括第三纪（距今0.65亿年至0.02亿年前）和第四纪（0.02亿年前至今）。古生代从老到新包括6个纪：寒武纪、奥陶纪、志留纪、泥盆纪、石炭纪和二叠纪，不过在达尔文时代尚未建立奥陶纪；中生代包括三叠纪、侏罗纪和白垩纪。《物种起源》中提到的“物种群在已知最低化石层中的突然出现”，实际上就是指“寒武纪生物大爆发”。
达尔文在这一章所列出的难题主要是，为什么在地史时期任一段地层中都缺乏中间变种，尤其是为什么在最低化石层（即寒武纪的下部地层）会有大批动物种群突然出现。对此，达尔文的答案是“地质记录不完全”，因而古生物记录就更不完全了。他的推理是，在这极不完整的化石记录中，我们当然无法见到众多连续的“中间变种”，见到的只能是断断续续保存下来的彼此区别显著的不同物种了。作者在本章结尾处援引当时最著名的地质学家莱伊尔关于地质记录是一本极其残缺不全的历史书的比喻来支持自己的观点，也是十分高明的。此后，许多人开始接受渐变论思想。 {评述：达尔文在《物种起源》第一版中曾预测，寒武纪之前一定存在着某些简单的演化过渡型生物。至第六版时，一些古生物学新发现令达尔文更坚信自己的推测。自20世纪40年代以来，古生物学的系列性发现证实，达尔文的这一猜想基本上是正确的。但是，近40年来古生物学揭示出来的事实也表明，生物演化历史中既有渐变，更有突变，而且突变更为醒目[引发突变的原因既可源自生物界内部宏演化（macro-evolution）的“新陈代谢”，也可引发自生态环境的急剧变化和各种大型灾变事件]。灾变在生物演化过程中也显得更为重要。灾变对旧有类群的确是灾难，甚至是灭顶之灾；但对于新生类群而言，应该是机会，而且常常是千载难逢的发展机遇、改朝换代的机遇。实际上，灾变往往是动物界整体进步的一个催化剂。}
四、第15章导读：生物的时空演替证据及亲缘关系对进化理论的支撑
生命运动是世界上最为复杂的一类运动，有历史的（即时间的）、有空间的、有形态变化的、也有胚胎发育的。作为一个成功的综合理论，进化理论必须能够对上述各种各样的运动现象提供合理的解释；否则，这种理论的正确性便值得怀疑。在这一大单元，达尔文用他的以自然选择和万物共祖为核心的进化理论对生物界在地史演变、地理变迁、形态分异、胚胎发育中的各种现象进行了令人信服的解释，从而，使这一理论获得了进一步的支撑。
第11章，论生物在地质历史上的演替。 在达尔文时代，古生物学揭示出来的一些事实足以能证实“所有物种都曾经历过某些变化”。而且，“新种是陆续慢慢地出现的”；莱伊尔对巴黎盆地第三纪生物演化的研究结果也清楚地证明了这一点。地史时期生物演化事实还告诉我们，各物种变化的速率互不相同，有快有慢。此外，地史中的物种一旦灭亡，便不再重新出现，这就是有名的“生物演化的不可逆性”。达尔文指出，所有这些现象，与自然选择学说完全一致：（1）生物的变异过程总是缓慢的，所以新种出现也是缓慢的、逐步的；（2）由于各个物种的变异互不相关，各不相同，它们被自然选择所积累的情况也自然各不相同，有多有少，有快有慢，其结果导致各物种演进的速率互不相同；（3）在演化过程中，新种替代旧种，旧种便归于灭亡。由于新种和旧种分别从其祖先那里遗传了不同的性状，因而两者不可能完全相同；而且，不同的生物会按不同的方式发生变异，并遭受不同的选择和积累作用。于是，我们便能很容易理解，既然旧种已经灭亡，那么旧种的祖先也不会存在。我们要想在新的条件下，再完全重复从旧种的祖先里产生出新种的过程，当然是不可能的。因而，“旧物种一旦消亡将不可再现”。达尔文进一步指出，物种群，即属、科等单元在出现和消亡上也与物种演替遵循相同的演化规律。
在达尔文时代，物种的绝灭常常蒙上了神秘的色彩。其实，按自然选择学说，在生存斗争中，尤其是近缘种和近缘属间的斗争最为剧烈，因而旧种和旧属遭到绝灭是顺理成章的事。对于大群物种，其全部绝灭的过程常常比它们开始出现的过程要来得缓慢，那是由于在遭受绝灭时，总有一些物种能够成功地逃避剧烈的竞争，找到自己存续下去的“避风港”，因而延缓了全群的绝灭。对于古生代末三叶虫和中生代（第二纪）末菊石类群的大规模突然灭绝，达尔文解释说，在这两代末期，其时间间隔可能都较长，因而其生物类群绝灭过程仍然是缓慢的。 [评述：达尔文坚持用渐变论解释古生代末和中生代末的大型绝灭与现代古生物学研究的结果不相符合。近30年来的古生物学资料显示，众多古生物门类在古生代末和中生代末的确是在较为短促的地质年代里快速灭绝的。绝大多数现代古生物学家认为，达尔文的自然选择学说能够很好地解释“常规绝灭”或“背景绝灭”，但对于古生代末和中生代末这样“集群绝灭”的原因，不宜单用渐变论解释，它很可能与地上或天外的突然事件或灾变事件（如特大规模的火山事件或大型陨石撞击地球等）有关。]
生物类型在全世界几乎同时发生变化和更替，譬如十分近似的生物类群分别在“新世界”（即美洲）和“旧世界”（即欧洲）“平行演化”是很常见的现象。如果用自然选择学说来解释，这必然顺理成章：由于优势类型最容易在空间分布上取得成功，从而最终在不同的海域和大陆上形成所谓的“平行演化”现象。
进化论认为，生物是不断通过由新种替代旧种的方式而逐步演替的。这便很自然地解释了为什么在年代上连续的地层里产出的化石是密切相关的事实，而且，其时代居中的化石，其性状特征也居中。同时，我们也很容易理解，为什么古代绝灭种类常能在形态构造上将现代某些极不相同的后代连续起来。因为，按我们以前在第4章讲过的基于万物共祖思想的生物谱系发展或性状分歧的图谱，越是古老的类型，越是与现代不同类群的祖先相接近，因而便容易在性状特征上居中。
在说明地史记录中新物种的出现常表现出“突然性”，而缺少中间过渡类型的现象时，达尔文再次强调了造成这种现象的两个基本原因：一是地质记录极不完全，二是生物在不断地发生地理迁移。
第12章、13章，生物的地理分布。 这两章力图用自然选择学说来解释生物在地理分布上的各种疑难而有趣的现象，这与华莱士不谋而合。这两章的论证告诉人们，这种能够解释众多自然现象和难题的假说应该是靠得住的理论。
以自然选择和万物共祖思想为核心的生物进化论认为，不同种生物皆起源于少数共同祖先；因而在地理上，应起源于某一产地中心。这就是说，物种一方面在时间展布上保持连续性，这为地史化石记录所证实；另一方面，物种在地理分布上也是连续的。尽管人们在生物地理分布上也可见到一些不连续现象，但这完全可以用生物的迁徙理论、各种偶然的传播方式以及物种在中间地带容易遭受绝灭来进行合理的解释。
在分析生物地理分布现象和规律时，我们必须记住，在万物共祖框架下的生物亲缘关系是至关重要的决定因素。因此，根据各种特殊的迁徙方式、隔离障碍方式，人们便可以理解形形色色的生物地理分布格局。譬如，两栖类和陆栖哺乳类，由于无法跨越海洋，因而在海岛上就自然见不到它们的踪迹。另一方面，即使在一些极为孤立的小岛上，却也能见到蝙蝠这样的飞行哺乳动物；原因很简单，它们可以直接从大陆飞到海岛上，并占据那些地理分布区。在一些群岛上，各岛物种尽管互不相同，但却彼此密切相关。我们也不难理解，为什么在两个地区内，只要它们有密切相似的物种，那么无论这两个地区相隔多远，总可以找到一些共有物种。达尔文还成功解释了一些冰河期造成的奇特生物地理分布现象：特大冰期可以影响到赤道地区，并使南、北半球的生物混交；但当气候转暖时，冰河退去，寒带生物也随之从平原地带消失，但此后却在世界各地的高山顶上残存下来一些相似的寒带生物类型。
淡水生物分布很广，而且变化莫测，这常与它们多种多样的传播方式相关。
总之，作者列举并论证了各种各样的生物地理分布都受着自然选择法则的制约。即是说，散布在各种不同区域但彼此相关的生物群落，它们原本是产生于同一产地的同一祖先；后来经过各种形式的迁徙、传播并在新领地不断变异才逐步演变而来。
第14章，生物间的亲缘关系：形态学、胚胎学和退化或残留器官。 在达尔文时代，在生物分类学、形态学、胚胎发育学以及成体上常见的残留器官方面存在着各种各样的难题。对这些难题，唯心主义神创论和目的论曾试图给以解释，但多牵强附会，无法自圆其说。然而，在达尔文看来，所有这些难题在他的进化学说面前，都将迎刃而解；谱系遗传、变异和选择学说无愧是解开众多疑难的金钥匙。
1. 分类学。那时的博物学家在进行生物分类时，都在力求透过各种生物之间的表面相似性，追求反映生物内在联系的“自然体系”；然而另一方面，他们却认为这种“自然体系”不过是“造物主”精心设计的产物。达尔文在这里举出众多实例证明了，博物学家所追寻的“自然体系”实际上就是建立在生物由于不断变异而逐步演化的生物进化论基础之上的。博物学家都承认能显示不同物种间亲缘关系的性状特征都是从其共同祖先那里遗传下来的。也就是说，尽管他们口头上说生物分类的“自然体系”是造物主的安排，但他们所进行的“真实分类方法和分类体系却都是建立在生物自身血统演化基础上的”。换句话说：“博物学家实际上都在根据生物的血统进行分类”，“生物的共同演化谱系才是博物学家们无意识追求的潜在纽带。”于是，同源构造，即虽形态不同但谱系来源相同的构造，在分类中最为重要。如鸟类的翅膀与其他陆生脊椎动物的前肢，尽管形态相差很远，但起源相同，因而在自然分类中至关重要。与此相对应，达尔文提出了同功构造的概念，即外表相似但其内部构造和起源不同的构造，由于它不能指示生物之间的亲缘关系，因而在自然分类上毫无价值，如鸟类的翅膀和昆虫的翅。达尔文还举了个很有趣的例子，说“自然”有时也会给博物学家开开玩笑，使他们在实际分类工作中犯错误。例如，在南美洲大群居住的透翅蝶中，常常会混杂一些翅膀形态和颜色、斑纹极为相似的异脉粉蝶。这种惟妙惟肖的模拟，常使目光锐利的分类学家受骗上当。这种生物模拟现象如果用自然选择学说来解释，则很容易理解。原来，鸟类和其他食虫动物由于某种原因不吃透翅蝶；于是，只有那些在外形和颜色上类似透翅蝶的异脉粉蝶才容易逃避毁灭的命运。结果，“与透翅蝶类似程度较小的异脉粉蝶，便一代又一代被消灭了；而只有那些类似程度大的，才能保存下来并繁衍它们的后代”。显然，这是自然选择作用的又一个极好例证。
2. 形态学。同属一纲的生物，其躯体构造模式是相同的；或者说，同纲内不同物种的各对应构造和器官是同源的；这是形态学的灵魂。昆虫的口器是一个很典型的例子。形态各异的昆虫口器都属于同源构造。无论是天蛾的长螺旋形喙、或是蜜蜂折合形的喙、还是甲虫巨大的颚，尽管它们形态上极不相似，但都是由一个上唇、一对大颚、两对小颚变异而来。这种现象，用“目的论”是无法解释的，但用对连续变异进行自然选择的理论来解释，则并不困难。
3. 胚胎发育学。在胚胎发育过程中，常可见到下述两种基本情况。即：（1）同一个体的不同部位在胚胎的早期阶段完全相似，但到发育为成体时，则变得很不相同；（2）同一纲内很不相似的各个物种，在胚胎时彼此相似，但发育到后来，会变得各不相同。然而，也存在一些例外情况，如在同一纲内有些物种的胚胎或幼虫很不相似；又如有些个体的幼体与成体的形态差别不大，或没有明显的变态过程。这些现象都可以用自然选择和适应理论来说明。显然，这是由于这些幼体所面临的特殊环境迫使它不得不提早独立生活或自谋食物所致。这就是说，同一纲内不同生物在胚胎构造上的共性反映了它们起源相同，有共同的血缘关系。然而，胚胎发育中的不同，并不能证明它们没有共同的血缘，因为其中某一群生物在某一胚胎发育阶段很可能受到了抑制。
4. 残迹器官。博物学家在进行自然分类时，十分重视残迹器官，因为它常能指示某种同源构造。残迹器官形成的主要机理，很可能是由于不使用的原因。但是，有些不大发育的生物器官到底是处于其演化的初始状态，还是后期的退缩阶段，一时还很难判断。如企鹅的翅膀就是这样。企鹅不用飞行，可能导致翅膀缩小；但另一方面，其翅可作鳍用，也可视为其演化的初始状态。显然，面对形形色色的残迹器官，生物特创论是无法解释清楚的；但是，用本书提出的原理，即“不使用便退化”原理、生长的经济节省原理，则能得到合理的解释。
总之，这一章所讨论的各种事实进一步证明了，世界上无数的物种、属、科、目、纲，都不是上帝分别创造出来的，而是从其共同祖先逐步传衍下来的。在这一漫长的演化过程中，各种生物都经历了各种各样的变异。
第15章，复述和结论。 这一章对全书进行了概述和总结。如果读者已经仔细阅读过前14章并有了较为深刻的理解的话，本章便可略去不读。然而，假如读者没有充足的时间卒读全书，而只是对前14章进行了走马观花式的初步浏览，那么，不妨再花不多的时间对本章极其精炼的概述，作字字句句的审读，一定能收到事半功倍的良效。作为总结全文的章节，本章主要包括四个部分。前两部分是前14章的简述，不过其论述顺序与正文恰好相反。在这里，作者首先逐一讨论了反对或怀疑自然选择学说的各种论点，然后再正面讨论能支持或论证自然选择学说的各种事实和论点。这些事实，有一般性、概括性的，也有具体的、特征性的，这里不拟赘述。然而后两部分则是正文的引申和归纳，值得特别提一提。
第一，博物学家为何长期固守物种不变的思想？达尔文认为主要是由于宗教传统势力的影响。他们长期在上帝“创造计划”的说教笼罩之下，形成了只信上帝而不愿面对事实的顽固偏见。作者在这里寄希望于那些没有宗教偏见的青年：只要能面对事实，便能最终接受自然选择学说，就能看到物种可变的真实世界。
第二，既然物种变异的学说是真实的，那么，我们到底可以用它来解释哪些难题和现象呢？它对未来博物学会产生什么影响呢？
1. 同一纲内的各种生物是通过一系列连续分叉的谱系线彼此联系在一起的；它们能够指导人们按“群下有群”的格式进行自然分类。
2. 地史时期化石的发现，能将现生各目之间形态学上的空隙不断弥合起来。
3. 所有动物最远古的祖先最多只有四五种，植物亦然。而且，从形态学的同源构造、残迹构造和胚胎学证据可以看出，每一界的所有物种很可能都起源于同一祖先。
4. 从渐变论观点看，物种和变种没有本质的区别；现在的物种就是过去的变种，而变种则可以视作初级物种。
5. 过去在博物学中，亲缘关系、生物躯体构造模式的一致性、形态学、适应性状和残迹器官等说法只不过是一些隐喻。但是，在进化学说被广为接受之后，它们将不再只是隐喻，而将具有明确的含义并成为正式的科学术语。博物学研究也将更为生动有趣。
6. 在博物学中将会因此而开拓一些新的研究领域，如探索变异的原因和机制、器官的用进废退、外因的作用效应等。而人工选择也会开始实施真正的物种或品种的“创造计划”。
7. 对现代生物地理分布规律的探寻，将为我们研究古生物地理提供可贵的借鉴。
8. 由于古生物随时间而演进，将使我们有可能测定地层的相对年代顺序。
9. 物种是通过逐级变异而形成的；同样地，人类智力的获得也必然是逐级递变的结果。于是，人类的起源及其演化历史将会由此得以说明。
10. 物种起源是一个缓慢的渐进过程，这是物种形成的唯一方式。“自然界不存在飞跃”“地球上从未发生过使全世界变得荒芜的大灾变”。
评述：前面九点无疑都是正确的或基本上是正确的；一旦物种被突然创造出来，便不再改变。而当地球上的大灾难（如大洪水）毁灭了大群旧物种时，上帝便立即再快速创造出一批新物种。这种理念，在达尔文时代之前一直占主导地位。显然要想攻破具有传统势力的特创论，在当时，达尔文也许只能坚持“自然界不存在飞跃”的渐变论，而完全摒弃任何形式的快速突变的思想，以不留给特创论任何可乘之机。这是达尔文的无奈之举，也应该是他之所以成功的高明之处。
在进化论广为认同的今天，我们客观地观察、评价生命演化历程，便会发现，在渐变的大背景里，的确还充满了无数大大小小的突变和灾变。它们联手创建了地球神奇的生命之树。当然，这是纯自然的过程，与上帝无关。