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李鸿章出任两淮盐运使的美梦没有实现，太平军为了挽救安庆，他们对上游的湘军发动了声势浩大的钳形攻势，分兵南北两路，沿江西上，“合取湖北”，准备在武汉会师。这次攻势确实打中了曾国藩的要害。因为当时在安庆及其周围地区集结了曾国藩的湘军主力，以武汉为中心的湖北防务非常空虚。然而湖北却是湘军的战略基地，武汉尤为全局根本。太平军“合取湖北”，把战火引向敌人后方，避敌主力，打其虚弱，攻其必救，既可解安庆之围，又能歼灭湘军主力。太平军的这一策略让曾国藩胆战心惊，他立即采取应变之策，决意不撤皖围之兵以援鄂，反而督军猛攻安庆，企图迫使太平军尽快地从上游回顾下游，并进行决战。他把所谓旋转乾坤的赌注，全押在安庆围点打援上面了。南路西征太平军路经皖南时，曾经攻占宁国、徽州等地，并“环绕祁门作大围包抄之势”，致使坐困祁门的曾国藩“日在惊涛骇浪之中”。
这时曾国藩除了招致太平军的环攻外，还遇到北上“勤王”和祁门内讧两个棘手的问题。1856年，英法联军发动侵华战争，即第二次鸦片战争。1860年9月，英法联军攻占天津，直逼北京城下。咸丰皇帝在逃往热河途中命孤驻祁门的曾国藩派湘军精锐鲍超部北上救援。接到命令后，曾国藩左右为难，举棋不定。因为北上“勤王”责无旁贷，无可推诿，但他又想留下鲍超所部对抗太平军；如不北上护主，将被责为天下罪人。但此时正是剿杀太平军的关键时刻，一旦抽掉精锐，于战局大有影响，而且这时正值徽州失守、祁门危急之时。曾国藩急得几个晚上不能入眠，于是令下属每人提一种方案，结果几乎都主张北上“勤王”，但只有李鸿章力排众议，不同意调兵北上。李鸿章认为英法联军已在北京城下，破城而入只是朝夕之事，调兵北上保卫京城已毫无意义；而且英法联军侵略最终将“金帛议和”了事，危及大清社稷的不是英法联军，而是造反的太平军。
李鸿章比清政府更早看出这一点，眼光确非寻常。他进一步论述湘军镇压太平军是关系“天下安危”之事，对北上驰援应“按兵请旨”，静观局势变化。经过仔细权衡，曾认为李说的确有道理，于是采用此议。他上疏朝廷表示愿意北上，但提出鲍超人生地不熟“断不能至”，所以请朝廷在胡林翼和自己之间“酌派一人进京护卫根本”，其实是在拖延时间，因为往返奏报大约需要一个月的时间。果然不出所料，不久就接到“和议”已成，不必北援的命令。此事使曾国藩对李鸿章更加器重。李鸿章对曾国藩虽以师相待，但他毕竟是极有主见之人，经常因固执己见而时有冲突，李鸿章有几次想离曾国藩而去。1860年，曾国藩升任两江总督，并决定将大营迁往安徽祁门时，李鸿章认为祁门地势如同“釜底”，没有进退余地，从战略上看，移营至此十分危险。在太平军攻击下，的确险情不断，李鸿章等人一再要求移师他处。而曾国藩坚持己见，甚至对李鸿章等人说：“诸君如胆怯，可各散去”。
不久，双方又因李元度事件矛盾再起，更加尖锐，终导致李鸿章负气出走。李元度（字次青）是曾国藩“辛苦久从之将”，曾国藩在靖港、九江和樟树镇败绩后的艰难岁月中，曾经得到李元度的有力支持。曾国藩自称与李元度的“情谊之厚始终不渝”。李元度擅长文学而不知兵，只因曾国藩私情荐举，才升任徽宁池太广道，领兵驻防徽州。当太平军李侍贤部来攻时，李元度违反曾国藩坚壁自守的指令，出城接仗，一触即溃，徽州易手。李元度徘徊浙赣边境，经久不归，后来虽然回到祁门，但不久又私自离去。曾国藩悔恨交加，决定具疏劾之，以申军纪。曾国藩此举本来无可厚非，但文武参佐却群起反对，指责他忘恩负义。李鸿章“乃率一幕人往争”，声称“果必奏劾，门生不敢拟稿。”曾国藩说：“我自属稿”。李鸿章表示：“若此则门生亦将告辞，不能留侍矣。”曾国藩生气地说：“听君之便”。10月25日，曾国藩在日记中写道：“日内因徽州之败，深恶次青，而又见同人多不明大义，不达事理，抑郁不平，遂不能作一事。”从曾国藩手书日记原稿看，曾国藩在“而”与“又见”之间圈掉“少荃”二字，他的原意可能要写“少荃不明大义，不达事理”。其实，曾国藩对李鸿章的批评是切中要害的。李鸿章鉴于自己意见被拒和祁门奇险万状形势，便愤然辞幕，离开祁门，打算返回南昌哥哥家中。