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庄子处于百家争鸣的繁荣时期，为捍卫自己的学说，他对以儒家为首的各家各派给予了批判。
首先，他对各家学说的支离破碎做了总的批判，他说：“天下大乱，贤人和圣人的作用不能被发挥，道德不能统一，天下的学者大多数是只看到问题的一个方面，而看不到全体的很多。就像耳朵、眼睛、鼻子、嘴巴，都有各自的用处却不能相通。尤如各家的学说，各种技艺，都有各自的长处，在适当时候表现出各自的用途一样。尽管如此，但各家都不能包容全部，只不过是一些人掌握着一偏之见罢了。他们分裂了天地的整体之美，把万物的道理搞得支离破碎。试看古代的全德之人，很少有能够具备天地的整体之美和神明的表现相称。所以，内圣外王道理，被掩蔽起来却得不到阐明，被堵塞起来却得不到发挥。天下的人都按照自己的想法做事，并把各自的想法当作道。实在是可悲！各家都在迷途上前进而不能返回正道，不能够合于大道是必然的了。后代学者的可悲之处就在于不能看到天地的纯真，以及古人的全貌，道术就被这样弄得支离破碎了。”
其次，庄子又分别对墨翟、禽滑厘、宋钘、尹文、彭蒙、田骈、慎到、惠施、桓团、公孙龙等人的学术观点进行了批判。
如他对墨子的一些言论做了批判。“墨子称赞自己的道术说：‘过去禹在治理洪水的时候，疏通长江、黄河使四方边远的地方和九州，著名的大河有三百，支流有三千，小河流无数。禹亲自拿着土筐和掘土的耜，疏通了天下的河流，累得他大腿上肉没有了，小腿上的毛掉光了，沐浴在暴风雨中，狂风梳理了他的头发，终于安定了万国。禹真是一位大圣人啊！他为天下的劳苦到了这般地步。’他要求后代的墨者用粗布做衣服，穿木制或草编的鞋子，白天夜晚不停地劳作，视吃苦耐劳为最高准则。他说：‘不这样做，就不符合禹的主张，就不能把他称为墨者。’相里勤的弟子五侯那些人，南方的墨者如告获、己齿、邓陵子那些般人，都诵读《墨经》，但取舍各不相同，并且相互斥责对方的‘别墨’。以坚白、同异之类的辩论相互诋毁。将那毫无共同点的言论，加以调和使之相应，把钜子当作圣人，都心甘情愿地尊奉钜子为主师，希望后世能继承他的事业，因而至今墨家的传统没有断绝。墨翟、禽滑厘的心意是好的，但他们的做法却是错误的。他使后代的墨者一定要刻苦自励，弄得大腿上没有肉，小腿上掉光毛，不过是相互竞争罢了。乱天下之罪多，治天下之功少。虽然这样，墨子却是实意地要把天下治理好的。他要拯救天下却没有实现，即使累得憔悴不堪也不放弃他的主张，真是一位有才能的人啊！”
庄子对他的好友惠施的学说进行了严厉的批评。他说：“惠施的学术广博，著作有五车之多。他所讲的道是驳杂不纯的，他所讲的话不符合大道。他观察分析事物的道理，结论是：最大的无所不包，没有外围的，可以把它称作‘大一’；最小的什么也不能包，没有内核了，可以把它称‘小一’。没有明显厚度，便不可以积累，却可以伸到千里。天和地是一样低，山和泽是一样平。太阳刚刚正中，却马上偏西了。万物刚刚出生，长的同时就走向死亡。大与小既相同又相异，这叫做‘小同异’；万物完全相同，又完全不同，这叫做‘大同异’。南方是没有尽头的，也可以说是有尽头的。今天动身到越国去，昨天却已经到了。连环是可以解开的。我知道天下的中心，在燕国的北面和越国的南面。普遍地爱着万物，天地之间本就属于一个整体。”
“惠施把这些当作伟大的真理，并把这些话讲给天下之人听。天下爱辩论的人都愿意和他讨论以下问题：卵中有毛；鸡有三只脚；楚都郢可以包容天下；狗可以是羊；马有卵；蛤蟆有尾巴；火是不热的；山是有口的；车轮是不辗地面的；眼睛是看不见东西的；物的共相是感觉不到的，物的个体是延绵不绝的；乌龟比蛇长；曲尺不能画方，圆规不能画圆；凿出的孔是不能围住木枘的；飞鸟的影子不曾移过；箭头飞速地运行着，有不前进不停止的时候；狗不是犬；和一头黄马一匹骊牛可以称作三；白狗是黑的；孤驹不曾有母亲；一尺长的棍子，每天截取一半，永远也截不完。辩者们拿这些问题跟惠施辩论，永远没完没了。”
除此之外，批判最多的还是儒家学说。
在今本《庄子·肤箧》篇中，庄子认为，圣智礼法的创设，本来是用于防盗制贼，但反被盗贼窃取来做护身的名器，张其恣肆之欲，来为害民众。庄子通过一个名叫跖的所谓大盗之口，提出了“盗亦有道”，并把圣、勇、义、智、仁五种儒家推崇的德行巧妙地与盗贼的行为连在了一起，形成对儒家学说的绝妙讽刺。他还提出了“窃钩者诛，窃国者为诸侯，诸侯之门而仁义存焉”、“圣人生而大盗起”、“圣人不死，大盗不止”之说，对儒家仁义、圣人之说进行了批判和讽刺。
在《盗跖》篇中，庄子用寓言形式讲了几个故事。一为孔子带着学生颜回和子贡去拜访盗跖，想劝盗跖改过，盗跖反而把孔子称作“鲁国之巧伪人”，并指责他“作言造语，妄称文武”，“不耕而食，不织而衣”，使得天下学士不反本业，还“妄作孝弟”来侥幸求得封侯富贵。他批评儒家推崇的圣王，自尧舜以至武王，都是用利来迷惑人的本真而强迫他们违反自然的性情。还说历代的忠臣都不得好死。二为孔子的学生子张和满苟得的对话。子张倡导信义礼仁和贵贱伦序，以求显荣利达；而满苟得则主张士人的行为，应该顺着自然的本性，批评儒家说一套，做一套。通过“尧杀长子，舜流母弟”之事，来驳斥儒家的等级伦常思想。
在《渔父》篇中，讲的是孔子坐在林中的杏坛休息，正一面弹琴，一面唱歌的惬意之时，被一白眉被发的渔父训斥了一顿的寓言故事。通过这故事，批评儒家“擅饰礼乐，逆人伦”；指责孔子“苦心劳形以危其真”，提出“谨修其身，保持本真，使人与物各还归自然。”
以上三篇文章都是对儒家仁义、圣人、礼乐伦常思想的批判。虽然历代学者对这三篇文章的作者持有怀疑，认为可能不是庄子所作。但它代表了道家对儒家的态度却是事实。
无才无德，高官厚禄，不过昙花一现，只有奉行大道而立德，才能得道。