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咳嗽的病因是指能引起肺系疾病的常见病因。引起咳嗽的原因主要有六淫、情志、饮食、痰饮、空气污染等，总的归结为外感、内伤两大类，或由外邪侵袭，肺卫受感，肺失宣降，因而发生咳嗽，或由其他脏腑病变，传至肺脏而为咳嗽。
1．外感咳嗽 主要是由于风、寒、暑、湿、燥、火六淫之邪犯肺所致。风、寒、暑、湿、燥、火六气皆能致咳，但是由于四时气候变化的不同，人体所感受的致病外邪亦有区别，因而在临床上也就会出现风寒、风热及风燥等不同的咳嗽，临床所见以风寒为多。风为百病之长，所以在外感咳嗽诸证中，不论由于风寒、风热或风燥，多以风为先导，挟寒、热、燥等外邪入侵，伤于肺系而为咳嗽。
2．内伤咳嗽 肺脏虚弱，或他脏有病累及于肺，引起咳嗽，均属于内伤咳嗽，它脏引起内伤咳嗽的原因主要有以下几种；
（1）脾虚生痰：脾为肺之母，如果脾运不健，水谷不能化生精微上输以养肺，反而聚为痰浊，上贮于肺，肺气壅塞，上逆为咳。这就是所谓的“脾为生痰之源，肺为贮痰之器”。即平素中阳不足，寒饮入胃，从胃上膈循肺脉上至于肺系，导致肺气不利而为咳嗽。另外，嗜用烈酒及辛辣燥热之品，亦易化火生痰，迫肺为咳。
（2）肝火犯肺：肝和肺既有经络上的联系，又有五行相克的内在联系。若肝气郁结，肝郁化火，木火偏旺，可导致气火耗伤肺津，炼液为痰，气火上逆为咳，如有些慢性咳嗽患者每因情志郁怒而诱发，就是肝对肺影响的表现。
（3）肾气虚衰：肺为气之主，肾为气之根，若肾气虚弱，失于摄纳，肺气上逆则为咳。若肾阴下亏，不能上滋肺阴；或虚火上炎，灼伤肺阴，肺失濡润，肺气上逆为咳。若肾阳不振，气化不利，以致水液停积，上逆犯肺亦可致咳。
综上所述，不论外感、内伤之咳嗽，均为肺系受病而发生，不过外感咳嗽病起于肺，而内伤咳嗽则亦有他脏生病累及于肺者。
西医认为，引发咳嗽的因素主要是感染因素和理化因素。
1．感染因素
（1）上呼吸道疾患：感冒、腺病毒感染、鼻及鼻窦或扁桃体炎、急慢性咽炎或喉炎、急性会厌炎、喉结核等。
（2）气管、支气管疾患：急性及慢性气管支气管炎、细支气管炎、支气管内膜结核、支气管扩张等。
（3）肺、胸膜疾患：病毒性或细菌性肺炎、支原体及立克次体或衣原体肺炎、肺真菌病、肺脓肿、肺结核、肺肿瘤、胸膜炎等。
（4）传染病、寄生虫病：麻疹、百日咳、白喉、流感、钩端螺旋体病、流行性出血热、肺吸虫病、肺包虫病、肺阿米巴病、急性血吸虫病、蛔虫病、钩虫病、卡氏肺孢子虫病等。
2．理化因素
（1）呼吸道阻塞：呼吸道分泌物、血液、呕吐物或其他异物吸入呼吸道、支气管腺瘤或癌、支气管狭窄、肺不张、肺水肿、肺气肿、肺出血等。
（2）呼吸道受压迫：纵隔肿瘤或淋巴结肿大、甲状腺肿大、食管囊肿、憩室或癌、肺门或支气管淋巴结结核、肺囊肿、肺充血或瘀血、尘肺、弥漫性肺间质纤维化、结节病、Wegener肉芽肿、放射性肺炎、肺肿瘤、心脏增大、心包积液、胸腔积液、气胸、胸膜肿瘤等。
（3）气雾刺激：吸入高温气体或寒冷空气、吸烟、吸入刺激性工业气体如氯、氨、光气、臭氧、二氧化硫、氮氧化物或硫酸、硝酸、甲醛等散发出的雾气。
3．过敏因素 过敏性鼻炎、支气管哮喘、外源性变应性肺泡炎、热带嗜酸粒细胞增多症、风湿性肺炎、血管神经性水肿等。
4．异物与外伤 玻璃球、花生米及食物碎末等异物都可因不小心误吸入气管引发咳嗽。各种利器如刀、子弹、弹片，以及各种暴力如交通事故、高空坠地、重物撞击、强烈暴力消除后的骤然减速、高空气体爆震、体周骤然减压等，都可造成不同程度的胸壁、胸骨、肋骨以及肺组织等胸部损伤，引发咳嗽。