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中医临床的用药治病多数采用复方形式。在辨证审因，确定治法之后，便进入了具体的遣药组方阶段。要组织好一首有效方剂，必须重视两个重要环节：一是严密的组方基本结构；二是熟练的药物配伍技巧。
药物的功用各有所长，也各有所短，只有通过合理的组织，调其偏性，制其毒性，增强或改变原有功能，消除或缓解其对人体的不良因素，发挥其相辅相成或相反相成的综合效应，使各具特性的群药组合成一个新的有机整体，才能符合辨证论治的要求。这种运用药物的组合过程，中医药学称之为“配伍”。“配”，有组织、搭配之义；“伍”，有队伍、序列之义。
运用配伍方法遣药组方，从总体而言，其目的不外增效、减毒两个方面。“用药有利有弊，用方有利无弊”，如何充分发挥药物对治疗疾病有“利”的一面，同时又能控制、减少甚至消除药物对人体有“弊”的一面，这就是方剂学在运用配伍手段时最根本的目的。一般来说，药物通过配伍，可以起到下述作用：
增强药力。功用相近的药物配伍，能增强治疗作用，这种配伍方法在组方运用中较为普遍。如荆芥、防风同用可疏风解表；薄荷、茶叶同用可清利头目；党参、黄芪同用可健脾益气；桃仁、红花同用可活血祛瘀等。
产生协同作用。药物之间在某些方面具有一定的协同作用，常相互需求而增强某种疗效。如麻黄和桂枝相配，通过“开腠”和“解肌”协同，比单用麻黄或桂枝方剂的发汗力量明显增强；附子和干姜相配，俗称“附子无姜不热”，体现了先后天脾肾阳气同温，“走而不守”和“守而不走”协同，大大提高温阳祛寒作用。
控制多功用单味中药的发挥方向。这是在方剂配伍中十分重要的一个方面。通过配伍，可以控制药物功用的发挥方向，从而减少临床运用方药的随意性。
扩大治疗范围，适应复杂病情。中医药学在长期的发展过程中，经历代医家反复实践总结，产生了不少针对基础病机的基础方剂，如四君子汤、四物汤、二陈汤、平胃散、四逆散等。在临床上通过随证配伍，可以使这些基础方剂不断扩大治疗范围。
控制药物的毒副作用。“是药三分毒”。从中国医学史的相关资料表明，上古时期，人们对药物的毒副作用是十分畏惧的，从古代将中药统称为“毒药”，以及“神农尝百草，一日而遇七十毒”的传说，到“若药不瞑眩，厥疾弗瘥”的认识，以及臣子为国君试药、儿子为父亲试药的记载，反映了当时运用药物能产生毒副作用的普遍性。但随着中医学的发展和药物运用经验的积累，尤其是方剂学的发展，探索和掌握了控制毒副作用的方法，为后世方药的广泛运用和疗效的提高创造了条件。至西汉后期时，对中药的称谓，由“毒药”改称为“本草”，这本身就是中医药学划时代进步的标志。这与方剂学中运用配伍方法的成果是分不开的。通过配伍控制毒副作用，主要反映在两个方面。一是“七情”中“相杀”和“相畏”关系的运用，即一种药物能减轻另一种药物的毒副作用，二是多味功用相近药物同时配伍的运用，这种方式既可利用相近功用药物的协同作用，又能有效减轻毒副作用的发生。控制毒副作用的方法，除了上述两个方面外，中医药学中还包含着丰富的方法和内容。如因时、因地、因人制宜，恰如其分的用量控制，特定的炮制方法，道地药材的选择，具体的煎药、服药方法以及恰当的剂型要求等。
每一首方剂，固然要根据病情，在辨证立法的基础上选择合适的药物，妥善配伍而成。但在组织不同作用和地位的药物时，还应符合严密的组方基本结构，即“君、臣、佐、使”的组方形式。这样才能做到主次分明、全面兼顾、扬长避短、提高疗效。
据各家论述及历代名方的组成规律，进一步分析归纳如下：
君药：即对主病或主证起主要治疗作用的药物。
臣药：有两种意义。①辅助君药加强治疗主病或主证作用的药物；②针对重要的兼病或兼证起主要治疗作用的药物。
佐药：有三种意义。①佐助药，即配合君、臣药以加强治疗作用，或直接治疗次要兼证的药物；②佐制药，即用以消除或减弱君、臣药的毒性，或能制约君、臣药峻烈之性的药物；③反佐药，即病重邪甚，可能拒药时，配用与君药性味相反而又能在治疗中起相成作用的药物，以防止药病格拒。
使药：有两种意义。①引经药，即能引领方中诸药至特定病所的药物；②调和药，即具有调和方中诸药作用的药物。
综上所述，一个方剂中药物的君、臣、佐、使，主要是以药物在方中所起作用的主次地位为依据。遣药组方时既要针对病机考虑配伍用药的合理性，又要按照组成的基本结构要求将方药组合成为一个主次分明、全面兼顾的有机整体，使之更好地发挥整体效果，这是需要充分运用中医药理论为指导，进行周密设计的。
临证不依病机、治法选用成方，谓之“有方无法”；不据病情加减而墨守成方，又谓“有方无药”。因此在临证运用成方时，我们应根据病人体质状况、年龄长幼、四时气候、地土差异，以及病情变化而灵活加减，做到“师其法而不泥其方，师其方而不泥其药”。徐灵胎说：“欲用古方，必先审病者所患之证相合，然后施用，否则必须加减，无可加减，则另择一方。”（《医学源流论·执方治病论》）说明方剂在运用时不可囿于成方，应当通过灵活变化来适应具体病情的需要。
药味加减的变化。药物是决定方剂功用的主要因素。当方剂中的药物增加或减少时，必然要使方剂组成的配伍关系发生变化，并由此导致方剂功用的改变。这种变化主要用于临床选用成方，其目的是使之更加适合变化了的病情的需要。必须指出，在此所指的药味增减的变化，是指在主病、主证、基本病机以及君药不变的前提下，改变方中的次要药物，以适应变化了的病情需要，即我们常说的“随证加减”。在选用成方加减时，一定要注意所治病症的病机、主证都与原方基本相符，否则是不相宜的。还有一点，即对成方加减时，不可减去君药，否则就不能说是某方加减，而是另组新方了。
药量增减的变化。药物的用量直接决定药力的大小。某些方剂中用量比例的变化还会改变方剂的配伍关系，从而可能改变该方功用和主治证候的主要方面。药量的增加或减少，可以是单纯药力的改变，也可以随着组成配伍关系的改变而功用、主治发生改变。
中药制剂种类较多，各有特点。由于剂型不同，在作用上也有区别。药味、药量、剂型等的变化形式，可以单独应用，也可以相互结合使用，有时很难截然分开。但通过这些变化，能充分体现出方剂在临床中的具体运用特点，只有掌握这些特点，才能制裁随心，以应万变之病情，从而达到预期的治疗目的。