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中草药的分类方法有多种，历史上主要有三品分类法、自然属性分类法、功效分类法等。此外，现代还有按照中草药的性能、中草药的主治、中草药的化学成分、按药物的自然属性和亲缘关系分类、药名的笔画及结合西医药理论进行分类中草药的。
为方便临床用药，并且其分类方法能够揭示药物防病治病作用的区别和联系，目前主要采取功效分类法，即依据药物的主要功效进行药物分类的方法。
现代中草药学一般将药物分为解表药、清热药、泻下药、祛风湿药、利水渗湿药、化湿药、温里药、理气药、消食药、驱虫药、止血药、活血化淤药、化痰止咳平喘药、安神药、平肝息风药、开窍药、补益药、收涩药、涌吐药、外用药等。其下再分若干小类（节），如清热药又分清热泻火药、清热燥湿药、清热解毒药、清热凉血药、清虚热药等。