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就在第二天，朝阳刚刚升起，秦始皇下达了“焚书令”，要求全国所有的人，除了秦国史书外，其他列国史籍，一律焚毁。医药卜筮之书不烧，《诗》、《书》、百家语除博士官保存外，其余一律焚烧。此令下达30天内，必须彻底执行，如不然就处刑，或罚做苦役。如果有人谈论《诗》、《书》，一律斩首。
就在焚书后的第二年，有两个替秦始皇寻找长生不老药的方士侯生与卢生带着从秦始皇那里骗来的钱财跑掉了。秦始皇知道后勃然大怒，他早就听说有读书人对自己不满，现在又发现这两人跑了，就决定严查此事。他命御史讯问诸生，而这些人熬不过严刑拷打，互相告发起来，株连很广，犯禁者达460余人。后来这些人都被秦始皇下令活埋了。