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1997年12月，桐庐一别之后，马云应外经贸部的正式邀请，率领他的团队再次踏上了北上的征途。这一次，马云不是去宣传，而是寻求与官方的合作，加盟中国国际电子商务中心。
这次北上，陪同他的有七个人，后来彭蕾、韩敏、周悦红等五人也陆续加入了北上的队伍。
其实，外经贸部的中国国际电子商务中心早在1996年2月就成立了，但直到1997年1月，才在全国外经贸会议上宣布正式运营。这次，外经贸部之所以邀请马云加盟，是因为当时外经贸要做一个大的官方内网——在全国范围内铺设光纤，在各个分支机构设立接口网点，通过光纤将外经贸的各个下属分支联系在一起。官方内网的建设一方面为方便企业办理与外贸相关的审批手续；另一方面，外经贸部也可以借此向外贸企业普及相关的政策法规。这个项目由联合国提供资金支持，所以整个项目的运作在资金方面并没有问题。此外，项目还得到了政府的支持，所以工程操作的难度并不是很大。项目的关键，是要找一个合适的人才来经营这个项目。
在当时，选一个既了解互联网又懂经营互联网的人，成为了外经贸部高层最为关心的事情。此时，马云出现了。当时在杭州的马云因为中国黄页而名气大振，又经过王建国的推荐，马云当然成为了最理想的人选。于是，外经贸部不惜重金邀请马云担任中国电子商务中心信息部的总经理，承诺给马云团队30%的股份，并为这个项目提供200万元的启动资金。
一开始，马云并不同意这个内网方案，他希望能把网站建在互联网上。但最终，他还是按照官方的意思开始了内网的建设。
虽然是给政府部门做事，但马云他们也没能享受什么特殊的待遇。为了开发网站，他们经常加班加点，工作极其辛苦。虽然最初的时候13个人有基本的分工，但由于人手太少，到后来经常是一个人要承担几个人的工作，因此分工也就没有那么明确了。更为可贵的是，他们从来不计较这些，他们觉得，大家既然是一个团队，就要为一个共同的目标而奋斗！
马云的团队虽然只有13个人，但却高手云集。凭借丰富的开发经验，马云的团队很快高质量地完成了任务。网站做得很成功，但在运营上却出现了一些问题。内网是靠红头文件收费的，但在市场化的背景下，很多企业变得越来越精明，在他们看来，这本来就是政府应该做的事情，企业没有理由为政府的红头文件埋单。马云早就料到了这一点，所以他才在最初的时候反对这个方案。面对这种尴尬的局面，马云不断游说电子商务中心的高层，建议扩大内网，改建互联网。面对互联网产业的蒸蒸日上，外经贸部的高层终于同意了马云的建议，批准成立了合资的国富通信息发展有限公司，并由马云出任总经理。
在出任总经理后，马云和雅虎创始人杨致远有了更多深入接触的机会。
早在1998年5月4日，雅虎中文网站就开通了，这是大名鼎鼎的雅虎网站开通的第13个非英语站点。这时，雅虎就已经开始想在中国内地开展网络广告这一新的业务。出生于中国台湾、成长于美国的杨致远，虽然有着华人血统，对中国内地也有很深的感情，却并不了解中国内地。于是，同年6月，雅虎和国富通达成了合作意向，由国富通协助雅虎开展其国内的业务。其实，马云在美国出差的时候，就已经结识了雅虎的“酋长”杨致远，而且两人也都彼此欣赏，一直有书信来往。1998年，杨致远第一次来中国内地，他在北京的三天，就是由马云全程陪同的。
国富通成立后不久，马云就带着他的团队开始研发真正的互联网项目。网上中国商品交易市场，就是马云他们开发的第一个项目。为了全身心地投入到互联网项目的开发中，马云安排韩敏负责官方网站的后续维护工作，自己则带领其他人转移阵地。
在当时的电子商务领域，网上中国商品交易市场是一个非常成功的项目。在互联网开放的环境下，网上中国商品交易市场的经营运作采用了更为市场化的方法。外经贸部在全国各地设立代表处，为了实现资源共享，这些代表处将当地中小企业的信息全部放在网上。这种更为开放的运作方式，深受众多中小企业的青睐，因而网站很快就实现了赢利，并且业绩突出。
毕竟是有政府背景的项目，再加上马云及其团队的全力运作，网上中国商品交易市场发展迅速，国富通和中国商品交易市场网站在当年就实现了287万元的纯利。
马云和他的团队在一年多的时间里，连续推出了网上中国商品交易市场、网上中国技术出口交易会、中国招商、网上广交会和中国外经贸等一系列站点。其中，外经贸部的站点是国内部委中最早的，同时也是最优秀的政府站点之一。1999年，外经贸部的站点被评为中国“政府上网工程”的推荐优秀站点。而网上中国商品交易市场，则是中国政府首次组织的互联网上的大型电子商务实践，实现了中国对外经济贸易方式的飞跃。当时，网上中国商品交易市场被外经贸部部长石广生称为“永不落幕的交易会”。
马云及其团队的这次创业取得了很大的成绩，然而，初到北京时，马云和他的团队也经历了一段艰难的北漂生活。那时候，他们住在外经贸部东郊的一个集体宿舍里，13个人分别住在三套简陋的房间里。北京的气候毕竟不同于江南水乡，这些西子湖畔的才子佳人不得不适应北方干燥的气候。他们每天早上都要一起挤公交上班，而北京上下班交通高峰期的拥挤，是全国有名的。为了不迟到，他们经常要起很早去等公交。就这样，他们早出晚归，每天的生活都很艰苦。然而，他们却因此而更加上进。在马云的带领下，他们每天晚上都坚持学习英语，而马云就理所当然地成了他们的老师。在北漂的那段日子里，天性乐观的马云总是不断地激励着他的团队，也正因如此，他们才克服了重重的困难，取得如此优秀的成绩！
然而，马云似乎并不满足目前所取得的成绩。他认为，在政府的编制里做事，有太多的限制，不能很好地施展拳脚。其实，一开始的时候马云就感受到这一点了。那时在内网方案的问题上，他就曾与几个领导发生过争执。当时，对方的口气中就暗含着这么一层意思：马云他们只是来给政府部门做事的，公司不是他们的！的确，马云虽然是信息部的总经理，但一些重要的决策仍然是政府说了算，而马云却很不喜欢受制于人。
终于，1998年的冬天，马云突然向大家宣布他要回杭州！所有的人又被惊住了。马云给他们提供了三个选择——他首先推荐他们去刚刚成立的新浪、搜狐；其次，可以去雅虎，毕竟那里的工资待遇很好；最后就是留下来继续给政府做事，毕竟有外经贸部的庇佑，北京的收入也算不错。马云的话在整个团队里引起了一场轩然大波，很多人都不理解他的决定。后来，马云把压抑了许久的委屈与无奈全部倾诉了出来，大家似乎也都理解了他的酸楚。马云指出的前两种选择在当时看来，是相当明智的。凭借他们的经验和技术，在任何一家知名的企业都会有所成就。但是让他们一时间放弃所有，再回到起点上，毕竟有些艰难，而且他们现在确实都干得不错。
最后，马云告诉他们：“你们要是愿意，也可以跟我回杭州二次创业，但那样会很辛苦。首先，你们每个月只有500元的工资；其次，未来的公司就在我家那套接近200平方米的房子里。你们住的地方不能离我家太远，必须在五分钟就能到达的范围内；最后，我要做的是一个全世界最大的商人网站，但至于回去具体要做什么，我还不知道。”马云给了他们三天的时间考虑。然而，出人意料的是，他们在几分钟以后就作出了一致的决定：一起回杭州创业！
在那一刻，马云感动的泪水夺眶而出。他对这个跟随他多年的团队，对这些情同兄弟姐妹的朋友充满了无尽的感激。
1998年冬天的一个雪夜，马云和团队成员在北京的一家小酒馆里举行了一场告别宴。那天晚上，他们不停地喝酒、吃肉，一起唱着《真心英雄》。散席之时已经接近深夜。天亮的时候，马云提议去爬长城。这一次八达岭之旅，是他们闯荡北京的那么长时间里第一次登上长城。八达岭的城墙上刻着无数的“到此一游”，对此，马云兴冲冲地对着大家喊道：“这不是BBS吗？我们的BBS能做到这样就好了。”当时，并没有人在意马云说的话，而意外的是，这个BBS竟然成为以后阿里巴巴网站的雏形。那天，在长城上，马云发誓要建立一家全世界最好的公司，让中国人都为之骄傲。