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清廷在同英法交战、剿灭“太平天国”的过程中，皇权在不自觉中又进行了一次更替。清朝对于西方人的态度由对抗转为妥协，这同幼主登位、决策者发生变故有关。
咸丰帝在对外关系的处理上，一贯强硬。恭亲王在兵临城下的时刻，几乎是别无选择地签订了《北京条约》，但一切国内外政策的重大决定仍要逃亡承德的咸丰帝来做。咸丰皇帝不太愿意妥协，经过第二次鸦片战争，留守北京的官员竟然发生了奇妙的转变，他们开始对外国侵略者心存幻想，对外夷由抵制转而亲近，他们创立了中国与西方关系的新秩序，并在此后的很多年内一直力图维持这种关系，这与逃亡在外的咸丰朝廷是有很大分歧的。
历史出现了戏剧性的一幕，咸丰帝竟然病死在承德。咸丰帝身旁有几位作风强硬的抵抗派，以肃顺为代表，急欲维护清廷统治，希望能够纠正政府各种弊端。肃顺作风泼辣而严厉，颇受咸丰赏识，并逐渐取得了实权。咸丰去世前，立下遗诏，立5岁独子载淳为皇储，并任命肃顺等八人为辅政大臣，辅佐幼主处理政事。载淳的生母慈禧，野心勃勃，希望能够借此机会夺取至高无上的统治大权。慈禧善于玩弄权术，同恭亲王商量，发动政变，处死了护柩回京的肃顺。此举得到列强的支持，1861年11月11日幼帝即位，年号同治。皇太后慈禧垂帘听政，慈禧在此后的47年中成为中国的真正统治者。这次政变史称“辛酉政变”。
清廷经过政权更迭，平定“太平天国”之后，政权上在一定时期内保持着稳定。之后，清政府内有恭亲王、文祥等主持朝政，外有曾国藩、左宗棠、李鸿章等镇抚，似乎景象一新。这段时期也被叫做“中兴”。有学者曾说过：“欧洲人的到来，中华帝国领土的扩大与中国人口增加一倍，这三个因素的相互作用，便决定了近代中国历史的方向。”外部的入侵和中国社会内部自我修复的需要，推动着中国社会向另一个时代过渡。
虽然太平军的失败给长江流域带来了安全，但另一武装集团捻军的力量却在逐渐壮大，它使华北本身面临巨大的威胁。捻军趁太平军动乱时开始由原来分散的组织发展为联合作战。清政府对其所投下的镇压力量之大不亚于对太平军的征剿。捻军在安徽省西北角的一块农村根据地——雉河集站稳了脚跟后，频繁袭击了邻近各省，从而大规模地触发了各地的叛乱，令清廷很是头疼。
捻军问题越来越严重，并且有危及北京之势。他们的部队使用了土炮和简单的火器，所以抵挡地方小股绿营军的能力就更强了。有些州县官员甚至出钱送他们离开辖境。
朝廷继续派出曾国藩剿灭捻军。各地动荡的局势，使儒家文化建立起来的帝国制度经历了一次严峻考验。从农民军手中收复的城镇，民心需要安抚，民政需要恢复，这对于清朝统治者而言同样是一场考验。清朝出台了一套抽取各省财政资源的办法，对于因战争受破坏的地方，田赋豁免。其他地方，鼓励耕作，发放粮种，安抚人民的反抗情绪。在与“太平天国”的对抗中，地方武装逐渐建立起来，曾国藩的湘军、李鸿章的淮军、左宗棠的楚军都掌握着强大的军事武装。清廷收敛起一贯的傲慢气焰，大兴科举，增加考试录取名额以笼络人才，防止类似“太平天国”的出现，笼络更多人才维护清廷统治。同时，兴办洋务，在外交方面，与外国列强谋求合作。